基于GO的棉花生物信息本體半自動(dòng)構(gòu)建的研究與實(shí)現(xiàn).pdf

1、隨著分子生物學(xué)和生物信息技術(shù)的飛速發(fā)展,生物的許多重要性狀和基因得到了精確定位,于是便產(chǎn)生了海量的生物數(shù)據(jù)。如何從這些異構(gòu)的數(shù)據(jù)中挖掘出有用的信息,成為了當(dāng)前的研究熱點(diǎn)。與此同時(shí),本體被引入生物界并得到廣泛應(yīng)用,人們已成功建立了水稻、擬南芥、大豆等植物本體,整合了各自領(lǐng)域的異構(gòu)數(shù)據(jù)并挖掘出了有用的信息。筆者選取棉花生物信息作為研究出發(fā)點(diǎn),構(gòu)建本體,設(shè)計(jì)出本體編輯工具,以期實(shí)現(xiàn)該本體的半自動(dòng)構(gòu)建和可視化,為挖掘棉花生物信息提供相關(guān)研究工具

2、。
　　 本文首先介紹了本體的相關(guān)概念、常用本體構(gòu)建方法及本體構(gòu)建工具,研究了國(guó)內(nèi)外領(lǐng)域本體構(gòu)建的關(guān)鍵技術(shù),比較了本體構(gòu)建方法和工具的優(yōu)缺點(diǎn),總結(jié)出各自存在的問(wèn)題；在此基礎(chǔ)上,分析了棉花生物信息本體的構(gòu)成,提出了構(gòu)建棉花生物信息本體的可行性、基本原則和構(gòu)建方法,詳細(xì)介紹了整個(gè)構(gòu)建過(guò)程,接著通過(guò)引進(jìn)解析XML的技術(shù),設(shè)計(jì)了基于Dom4j的自動(dòng)生成棉花形式化本體(OWL文件)的算法,并實(shí)現(xiàn)了形式化本體的自動(dòng)生成；此后,文章引入了可視

3、化的概念。針對(duì)本文生成基于Web的本體樹(shù)形圖的需求,分析了在Web上生成樹(shù)形圖的幾種技術(shù),詳細(xì)闡述Dtree技術(shù)的具體功能、體系結(jié)構(gòu)以及方法參數(shù)等內(nèi)容。通過(guò)對(duì)比分析,選擇該技術(shù)實(shí)現(xiàn)基于Web的本體樹(shù)形圖可視化；而后,綜合之前的研究?jī)?nèi)容,運(yùn)用相關(guān)技術(shù)和數(shù)據(jù)庫(kù)知識(shí),設(shè)計(jì)出了基于MVC模式的棉花生物信息本體的半自動(dòng)構(gòu)建和可視化的原型系統(tǒng)。該系統(tǒng)建立在棉花生物信息本體知識(shí)庫(kù)的基礎(chǔ)上,通過(guò)用戶操作實(shí)現(xiàn)術(shù)語(yǔ)和術(shù)語(yǔ)關(guān)系的添加、修改、刪除以及查詢等功能

4、。對(duì)于構(gòu)建成功的本體,系統(tǒng)可以自動(dòng)生成形式化本體文件(OWL文件)并顯示本體樹(shù)形圖,實(shí)現(xiàn)可視化功能。文章詳細(xì)介紹了系統(tǒng)的總體設(shè)計(jì)、功能模塊和系統(tǒng)結(jié)構(gòu)框架等內(nèi)容,選擇了棉花生物信息本體的部分術(shù)語(yǔ)及術(shù)語(yǔ)關(guān)系對(duì)其進(jìn)行測(cè)試和評(píng)價(jià),驗(yàn)證了本文研究方法的可行性和實(shí)用價(jià)值。最后,筆者對(duì)研究中存在的問(wèn)題與不足之處,提出了改進(jìn)措施并指出了后續(xù)研究方向。
　　 本文總結(jié)了本體構(gòu)建的研究現(xiàn)狀,成功構(gòu)建了棉花生物信息本體,研究了棉花生物信息本體的半自動(dòng)