大腸桿菌sRNA GlmZ結(jié)構(gòu)和功能研究以及RNA解旋酶CsdA與RNA的結(jié)構(gòu)及功能研究.pdf

1、GlmZ是大腸桿菌中非編碼的小RNA。它主要參與調(diào)控glmS mRNA的翻譯表達，全長207個核苷酸，并且在調(diào)控的過程中依賴分子伴侶Hfq蛋白質(zhì)。當細菌在準備分裂時，細胞中會大量合成生物膜，合成生物膜的必要條件就是需要大量的葡萄糖胺-6-磷酸(GlcN6P)，而葡萄糖胺-6-磷酸需要葡萄糖胺-6-磷酸合成酶(GlmS)的催化?；騡lmS就會被激活，轉(zhuǎn)錄出glmS mRNA。大腸桿菌中g(shù)lmSmRNA的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控是通過小RNA GlmZ

2、來調(diào)控。
　　在本實驗中，我們試圖通過SHAPE的方法研究小RNA GlmZ和RapZ蛋白質(zhì)的相互作用，希望得到它們之間具體的結(jié)合位點。SHAPE的全稱是Selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension，就是對2'-OH選擇性標記，然后通過引物延伸的方法得到RNA的二級結(jié)構(gòu)。為了建立這種方法，我們先以tRNA作為實驗對象，成功的進行了摸索實驗。從SHAPE的實

3、驗結(jié)果可以得出tRNA的二級結(jié)構(gòu)是經(jīng)典的三葉草模型。然而在進一步使用SHAPE研究GlmZ的結(jié)構(gòu)以及它和RapZ的結(jié)合位點過程中，我們遇到了若干實驗問題，最終未能順利完成這部分研究。同時我們還通過晶體學方法得到了RapZ蛋白質(zhì)的晶體，并且收到了2套分辨率在3A以內(nèi)的衍射數(shù)據(jù)，但是由于晶體堆積上的問題，結(jié)構(gòu)并沒有解出來。在其它研究中，我們還使用SHAPE技術(shù)研究了rox2 R2H1RNA的二級結(jié)構(gòu)。
　　另外，大腸桿菌中的CsdA蛋

4、白質(zhì)是一類DEAD-box RNA解旋酶，它是由629個氨基酸殘基組成的多結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)。主要功能是參與細胞內(nèi)的許多RNA有關(guān)的代謝過程，例如: RNA降解，前體mRNA的剪切，翻譯起始，核糖體的生物合成等等。在之前的實驗工作中我們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了CsdA是由兩個串聯(lián)的RecA-like組成保守的核心結(jié)構(gòu)域，一個二聚體結(jié)構(gòu)域(DD)和一個RNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(RBD)以及C端的尾巴構(gòu)成，而且在二體的形態(tài)下發(fā)揮功能，并且我們已經(jīng)得到各個結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)