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1、GlmZ是大腸桿菌中非編碼的小RNA。它主要參與調(diào)控glmS mRNA的翻譯表達,全長207個核苷酸,并且在調(diào)控的過程中依賴分子伴侶Hfq蛋白質(zhì)。當細菌在準備分裂時,細胞中會大量合成生物膜,合成生物膜的必要條件就是需要大量的葡萄糖胺-6-磷酸(GlcN6P),而葡萄糖胺-6-磷酸需要葡萄糖胺-6-磷酸合成酶(GlmS)的催化?;騡lmS就會被激活,轉(zhuǎn)錄出glmS mRNA。大腸桿菌中g(shù)lmSmRNA的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控是通過小RNA GlmZ
2、來調(diào)控。
在本實驗中,我們試圖通過SHAPE的方法研究小RNA GlmZ和RapZ蛋白質(zhì)的相互作用,希望得到它們之間具體的結(jié)合位點。SHAPE的全稱是Selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension,就是對2'-OH選擇性標記,然后通過引物延伸的方法得到RNA的二級結(jié)構(gòu)。為了建立這種方法,我們先以tRNA作為實驗對象,成功的進行了摸索實驗。從SHAPE的實
3、驗結(jié)果可以得出tRNA的二級結(jié)構(gòu)是經(jīng)典的三葉草模型。然而在進一步使用SHAPE研究GlmZ的結(jié)構(gòu)以及它和RapZ的結(jié)合位點過程中,我們遇到了若干實驗問題,最終未能順利完成這部分研究。同時我們還通過晶體學方法得到了RapZ蛋白質(zhì)的晶體,并且收到了2套分辨率在3A以內(nèi)的衍射數(shù)據(jù),但是由于晶體堆積上的問題,結(jié)構(gòu)并沒有解出來。在其它研究中,我們還使用SHAPE技術(shù)研究了rox2 R2H1RNA的二級結(jié)構(gòu)。
另外,大腸桿菌中的CsdA蛋
4、白質(zhì)是一類DEAD-box RNA解旋酶,它是由629個氨基酸殘基組成的多結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)。主要功能是參與細胞內(nèi)的許多RNA有關(guān)的代謝過程,例如: RNA降解,前體mRNA的剪切,翻譯起始,核糖體的生物合成等等。在之前的實驗工作中我們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了CsdA是由兩個串聯(lián)的RecA-like組成保守的核心結(jié)構(gòu)域,一個二聚體結(jié)構(gòu)域(DD)和一個RNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(RBD)以及C端的尾巴構(gòu)成,而且在二體的形態(tài)下發(fā)揮功能,并且我們已經(jīng)得到各個結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)
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