基于最大均值統(tǒng)計量的表達基因篩選.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、基因表達數(shù)據(jù)變量篩選是現(xiàn)代生物信息學研究的重點內(nèi)容之一。由于基因表達數(shù)據(jù)變量具有高維數(shù)、小樣本、高冗余等特性，目前沒有一套比較系統(tǒng)的方法來篩選包含有顯著性表達生物信息的基因。本文將聚類分析方法與構(gòu)造檢驗統(tǒng)計量方法結(jié)合起來，篩選出控制樣本類型的基因。文章中首先反復(fù)運用基于偏最小二乘法和蒙特卡羅法的無信息變量剔除法盡可能多地剔除冗余變量，選擇兩種方法篩選保留的基因的交集作為研究變量，然后對篩選出來的具有相關(guān)關(guān)系的基因變量進行自組織特征映射(

2、SOM)聚類分析，并構(gòu)造出相應(yīng)的基因組;最后基于所構(gòu)造的基因組，通過模擬數(shù)據(jù)試驗選擇了基因顯著性分析方法(GSA)，建立最大均值統(tǒng)計量進行統(tǒng)計分析，從而篩選出差異表達顯著的基因組，并應(yīng)用主成分投影方法(PCA)驗證所篩選出的基因組對兩類樣本的分類效果。
　　本文研究中應(yīng)用到的數(shù)據(jù)由來自某醫(yī)院測試的4個正常樣本和4個癌變樣本中共45037個基因表達數(shù)據(jù)組成。從這45037個基因中篩選出1681個基因變量，然后采用SOM方法對這168

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