蛋白序列分析模型在膜蛋白跨膜區(qū)預測中的應用.pdf

1、隨著蛋白質序列數據的不斷增加，蛋白質分析模型愈來愈顯得重要。蛋白質序列圖形表示具有可視性、易于數值刻畫等優(yōu)點，在蛋白質序列分析研究中越來越受到關注。本文基于氨基酸三種理化性質給出一種新的無退化的三維蛋白序列圖形表示方法:Gs圖形表示法。利用Gs圖形表示法的數值刻畫，本文構造了九個物種的ND5蛋白的進化樹。通過與ClustalW的結果對比說明此方法是一種有效的蛋白質序列比較方法。最后，用該方法分析和推測了H7N9病毒的進化路徑。
　

2、　目前，由于試驗中膜蛋白的晶體結構難以獲得，因此膜蛋白空間結構的預測對膜蛋白功能的研究具有重要意義。本文首先利用主成分分析研究氨基酸理化性質，將每個膜蛋白序列轉化為一個數值矩陣，利用奇異值分解方法將其進一步轉化為一個向量。利用人工神經網絡提取膜蛋白序列跨膜區(qū)的數值特征，應用支持向量機得到膜蛋白序列跨膜區(qū)的預測概率，最后結合跨膜區(qū)疏水性特征和等電點波動規(guī)則建立預測模型。與Tmpred方法和ALOM方法的預測結果進行比較，結果說明本文的方法