基于運(yùn)動(dòng)學(xué)的蛋白質(zhì)LOOP結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè).pdf

1、蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)多樣性決定了其功能的多樣性，預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)對(duì)疾病研究和藥物開(kāi)發(fā)都有著重要的意義。本文將運(yùn)動(dòng)學(xué)應(yīng)用于蛋白質(zhì)loop閉合問(wèn)題，又將其擴(kuò)展至控制蛋白質(zhì)loop拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。
　　循環(huán)坐標(biāo)下降法和雅可比矩陣法是運(yùn)動(dòng)學(xué)中的兩種常用的數(shù)值方法，本文實(shí)現(xiàn)并設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)對(duì)比了兩種方法在解決蛋白質(zhì)loop閉合問(wèn)題上的效率和效果。結(jié)果表明，循環(huán)坐標(biāo)下降法相比于雅可比矩陣法，效率和閉合率都要高許多。
　　在循環(huán)坐標(biāo)下降法的基礎(chǔ)上，本文開(kāi)發(fā)

2、了一種控制蛋白質(zhì)loop區(qū)域拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的運(yùn)動(dòng)學(xué)方法――TSCCD，這種方法通過(guò)指定任意數(shù)目的向?qū)г蛹捌淠繕?biāo)來(lái)達(dá)到控制loop區(qū)域拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的目的。應(yīng)用TSCCD，本文實(shí)現(xiàn)了對(duì)封閉肽段的兩種運(yùn)動(dòng)模擬――“機(jī)械轉(zhuǎn)動(dòng)”和“隨機(jī)游走”。前者使一段loop繞固定的軸轉(zhuǎn)動(dòng)，后者則可以進(jìn)行l(wèi)oop的輕微擾動(dòng)。對(duì)于機(jī)械轉(zhuǎn)動(dòng)，本文成功地在1.29A2.43A的精確度上描述了預(yù)測(cè)目標(biāo)從apo態(tài)向holo態(tài)的柔性轉(zhuǎn)變。對(duì)于隨機(jī)游走，可以應(yīng)用于預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)loop