牙鲆群體遺傳多樣性及鰈形目魚類系統(tǒng)關系分析研究.pdf

1、本實驗利用AFLP技術研究了4個野生牙鲆地理群體及野生牙鲆與養(yǎng)殖牙鲆的遺傳多樣性。并且通過對核糖體18SrDNA和ITS1測序，一方面研究了ITS1作為分子標記分析牙鲆群體水平上遺傳多樣性的可行性，另一方面分析了鰈形目9種魚之間的系統(tǒng)進化關系。 1采用7對AFLP選擇性引物組合分析了牙鲆4個不同地理群體110個個體的遺傳結構差異和遺傳變異水平。共得到775個位點，其中多態(tài)位點數(shù)為452，比例為58.32％。計算4個群體的遺傳相似

2、性系數(shù)，其中中國威海群體群體(W群體)群體內(nèi)遺傳相似度最低，為0.9035；中國福建群體(F群體)次之，為0.9067；然后是日本群體(J群體)，為0.9088，最高的是韓國群體(K群體)，為0.9131。這說明W群體具有最高的群體內(nèi)遺傳多樣性，K群體具有最低的群體內(nèi)遺傳多樣性，F(xiàn)、K群體位于二者之間。從群體間遺傳距離來看，W群體和F群體間的距離最大為0.0747，而W群體與K群體間的距離最小為0.0613。這說明W群體和F群體間遺傳差

3、異最大，W群體與K群體間遺傳差異最小。4個群體的遺傳分化指數(shù)為0.3565，說明4個群體的遺傳結構出現(xiàn)了一定程度的分化。因此，如果威海群體想引種，最好是引進福建群體來提高牙鲆養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性。 2分析比較了榮成野生群體和養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性。養(yǎng)殖群體的群體內(nèi)遺傳相似度為0.90，高于野生群體0.89，而平均雜和度養(yǎng)殖群體是0.1093，低于野生群體的0.1225，這說明養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性水平相對于野生群體已有所下降，可能的

4、原因是由于親本數(shù)量有限造成了養(yǎng)殖群體遺傳多樣性水平的下降。兩個群體的擴增位點數(shù)在不同顯性頻率區(qū)間內(nèi)的分布表明兩個群體的遺傳結構很相似?？剂績蓚€群體遺傳變異的來源，有89.21％來源于群體內(nèi)，只有10.79％來源于群體間。這可能由于Y群體是R群體的子一代，還沒有形成自己獨立的遺傳結構。 3利用根據(jù)虹鱒保守序列設計的引物擴增得到了牙鲆完整的ITS1序列，片斷長度在750bp左右，其G+C含量高于60％，而A+T含量低于40％，這說明

5、牙鲆的ITS1是一段高G-C含量的序列。ITS因其協(xié)同進化而使各個重復單元趨于一致，所以經(jīng)常被用于分析群體的遺傳多樣性。本實驗分析了牙鲆不同個體以及不同克隆ITS1序列(共23個序列)的差異，通過序列比對可以發(fā)現(xiàn)，牙鲆的ITS1不僅存在個體間差異，還存在著個體內(nèi)差異。不同克隆間的序列差異主要表現(xiàn)為微衛(wèi)星的插入和缺失，而不同個體間的差異除了微衛(wèi)星的插入和缺失外，還存在比較多的堿基替換。采用Kimura-2-Parameterdistanc

6、e雙參數(shù)模型計算不同個體間與不同克隆間的距離，23個牙鲆ITS1序列中的最大差異存在于W3與J1、K3之間，均為0.0059。結果還發(fā)現(xiàn)，個體與同一個體不同克隆間的距離差異和個體與個體間的距離差異相當。如W2個體與J2個體間的距離為0.0014，與K1個體間的為0.0027，與W51克隆間的距離為0.0014，與W53克隆間的距離也達到0.0027。利用MEGA軟件構建了這23個序列的系統(tǒng)關系樹，聚類結果并沒有顯示一個個體的不同克隆先聚

7、為一起，然后跟其它個體的不同克隆再聚為一起，最后跟不同的個體聚為一起這樣一個順序，這說明不同的個體與一個個體的不同克隆間的差異程度是相當?shù)?。從而本實驗認為，ITS1不適合作為牙鲆種群遺傳多樣性研究的分子標記。 4通過對鰈形目9種魚類的ITS1和18srDNA片段的克隆測序，初步構建了鰈形目魚類的系統(tǒng)進化樹。9種魚的18srDNA片段長度均在1800bp左右，序列長度差異較小，發(fā)生變異的位點僅有9.75％，而其中7種魚的ITS1片

8、段長度差異比較大，從566bp到762bp不等，發(fā)生變異的位點高達68.5％，這從一個方面驗證了生物的核糖體DNA編碼區(qū)的進化速率明顯低于非編碼區(qū)。根據(jù)ITS1、18srDNA和ITS1+18srDNA片段分別計算不同魚之間的遺傳距離，均發(fā)現(xiàn)了與傳統(tǒng)的科間距離大于科內(nèi)距離的規(guī)律相悖的現(xiàn)象，如根據(jù)18SrDNA得到的9種魚之間的距離中，距離最大的是同屬于鰈科的木葉鰈和星鰈之間為0.0594，最小的是屬于鰈科的高眼鰈與屬于鰨科的條鰨以及條鰨