生物信息學中序列比較的一些問題及其算法.pdf_第1頁
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1、華南理工大學碩士學位論文生物信息學中序列比較的一些問題及其算法姓名:符克強申請學位級別:碩士專業(yè):應用數(shù)學指導教師:郝志峰20030501華南理工大學碩士學位論文AbstractTheexplosiveincreaseinbiologicalinformationproducedbylargescalegenomesequencingandgene/proteinexpressionprojectshasgiwbirthtobioinf

2、ormaticsBioinformatics,arapidlyevolvingdiscipline,istheapplicationofcomputationaltechniquesandmathematicsmethodstothenmuagerncntandanalysisofbiologicaldataAsknowtwentyfirstcenturyisacentm3of‘LifeScienceandInformationScie

3、nce’’andbioinformaticsisthecoreoftheLifcScienceandNaturalScienceSequenceconap:arisonisanimportantandbasalresearchfieMofbioinformaticsThrouthsequencecomparison,wecalldiscovertheimportantinformationofbiology’scomparability

4、andhomogeneityInfactthiskindofproblemswhichareNPhardproblemofcombinatorialoptimizationcomedowntothedisposalofstringsBecauseofthelargescaleoftheseproblemsinbioinformatics,ifwecallfindsomefastandeffectivealgorithms,wecanpr

5、omotethedevelopmentofbioinformaticstoalargescaleandprovidethoughtplatformtOothercombInatorialoptimizationproblemMyworkisasfollows:1Thisarticleintroducesthedatabaseforbioinformatics,sequencealignmentproblemsanditsclassica

6、lalgorithrasThenthroughanalysis,wegivetheupperboundofsequencealignment2Wepresenttheprocessofevohtionalcomputing,especiallygeneticalgorithmanditsprocessThenweexplainSOmecharactersofgeneticalgodthrainsolvingcombinatorialop

7、timizationproblems3AstotheespecialsequencecomparisonproblemClosestStringProblem,wegiveacombinatorialoptimizationmodelanddesignarapidalgorithmcalledLCRAalgorithmThroughanalyzingthetimecomplexityandcomparingtot11cgenetical

8、gorithmwecallcometoaconclusionthatLCRAalgorithmisafastandeffectivealgofithraforClosestStringProblem4Ast0ClosestStringProblemwedesignanothernewevolutionaryalgorithmwhichisbasedonevolutionaryofamatrixofselectedprobabilitie

9、sItsearchesthesolutionthroughtheevolutionaryofthematrixWhichisbasedontheprocessesofstochasticselecte&evalution,matrixmodification。matrixmutationmodificationThroughexperiluents,wecanseeitisaveryeffectivealgorithmfortheClo

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