生物物證供者種族來源推斷的SNP體系研究.pdf

1、[目的]研究并篩選一組祖先信息SNPs位點(AIMs，Ancestry Informative Markers)，構建復合檢測體系，用于東亞、歐洲和非洲人群遺傳成分描述及個體種族來源推斷。與短串聯(lián)重復序列(Short tandemrepeat，STR)遺傳標記相比，SNP具有擴增檢測片段短、突變率低以及攜帶遺傳信息等優(yōu)點，特別適用于降解DNA模板。并且通過SNP位點與表型進行關聯(lián)分析，推斷檢測樣品的表型信息，使得法醫(yī)DNA分析更加有效的

2、服務于案件偵破。
　　[方法]參考文獻與網絡數據庫信息，基于群體遺傳學調查的各項參數，篩選出一組能夠用于人群來源推斷的SNPs位點組合。選用一種通量靈活、準確性高的半自動化SNPs復合檢測平臺SNPstream(R)（基于單堿基延伸原理），將篩選出的SNPs位點構建起復合檢測體系。以HapMap數據庫11個人群的1096份樣本的分型數據為基礎，從52個表型相關基因總共432個SNPs位點中篩選出35個AIMs位點，基于微測序-通用

3、芯片技術構建復合檢測體系，并建立人群等位基因頻率數據庫。使用這組位點分析HapMap數據庫中1096份人群樣本，初步驗證位點的區(qū)分效能;然后，使用研究構建的體系檢驗收集的10個人群357份無關個體的DNA樣本。將所有的檢測結果進行統(tǒng)計分析，構建35個位點21個人群樣本等位基因頻率數據庫。最后，通過Structure軟件分析獲取人群的成分構成以及個體的祖先來源成分，結合樣品與所構建數據庫隨機匹配概率的計算結果，對個體樣本進行種族來源推斷。

4、
　　[結果]通過參考大量文獻，我們最終篩選出35個AIMs(AncestralInformative Markers)位點符合哈迪溫伯格平衡(p＞0.001)，位點組合之間沒有連鎖(r2＜0.1)。35個SNP位點在所研究的人群中的等位基因頻率具有明顯的差異性(Fst＞0.3)?；?2-plex SNPstream(R)技術構建了35個位點的復合檢測體系:3組聚合酶鏈反應(Polymerase chain reaction，P

5、CR)擴增片段長度在90 bp至154 bp之間;SNPstream(R)基因分型結果與測序結果的一致性為100％;最小DNA檢出濃度為0.0625 ng/μl，檢出量為0.375 ng(0.0625 ng/μl×2μl×3)。這組位點針對東亞、歐洲、非洲來源人群的具有顯著且平衡的區(qū)分能力。并且AIMs體系中每一個SNP位點的等位基因頻率在三個人群間具有較大差異。其中11個位點可用作區(qū)分東亞人群（即這些位點在非洲/東亞人群以及歐洲/東亞

6、人群間具有較大的等位基因頻率差異，Fst的平均值為0.549(0.365-0.648)）;12個位點區(qū)分歐洲人群（即這些位點在非洲/歐洲人群以及東亞/歐洲人群間具有較大的等位基因頻率差異，Fst的平均值為0.536(0.401-0.963));12個位點區(qū)分非洲人群（即這些位點在非洲/歐洲人群以及東亞/歐洲人群間具有較大的等位基因頻率差異，Fst的平均值為0.579(0.414-0.645))。我們將人群的祖先來源成分以及樣品個體的祖先