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文檔簡介
1、論文主要討論了Smith&Waterman算法以及在脈動式陣列上的加速.通過對Smith&Waterman比對算法的并行化方法的考察,引出細(xì)粒度并行化方法和定制硬件,特別是脈動式陣列;通過對脈動式陣列的結(jié)構(gòu)和特點(diǎn)的分析,結(jié)合龍芯I號處理器的結(jié)構(gòu),設(shè)計(jì)了龍芯I號新的協(xié)處理器CP2為一個(gè)脈動式陣列,并設(shè)計(jì)了相關(guān)的一組指令集;通過對龍芯I號的模擬器的修改,實(shí)現(xiàn)了該協(xié)處理器和指令集;在算法和系統(tǒng)結(jié)構(gòu)互相制約的基礎(chǔ)上,描述了算法在脈動式陣列上的實(shí)
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