類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者HLA-Ⅱ類基因SNP的初步研究.pdf

1、背景：單核苷酸多態(tài)性(SNP)指存在于某一(些)群體、正常個體的基因組DNA中單堿基的序列差異，是生物體基因組中存在的最簡單也是最廣泛的多態(tài)形式，是人類遺傳基因的多態(tài)性在遺傳信息上的本質(zhì)表現(xiàn)，90％以上的遺傳信息是由SNP所引起的。具有分布廣、數(shù)目多，相對穩(wěn)定的存在于染色體上等特點(diǎn)。SNP的產(chǎn)生可能會引起蛋白質(zhì)表型的改變，所以SNP也是影響人類體質(zhì)的關(guān)鍵，使人可能特別易于或特別不易患上某些疾病，或?qū)τ谥委熕幬锏姆磻?yīng)性有所差異。當(dāng)前人們正

2、致力于疾病基因背景的探索，SNP由于其在基因遺傳研究方面所具備的優(yōu)勢，成為人類基因組計劃完成之后又一研究新熱點(diǎn)。 類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)是最常見的自身免疫性疾病之一，患病率高。疾病發(fā)展至晚期可導(dǎo)致不可逆的關(guān)節(jié)損傷，嚴(yán)重?fù)p害患者生活質(zhì)量，每年給社會造成巨大的人力財力損失。研究類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的基因背景，能夠更深入的了解該疾病的發(fā)病機(jī)制，對疾病診斷及治療都具有積極的意義。 人類白細(xì)胞抗原(HLA)基因系統(tǒng)是人類主要組織相容性復(fù)合體

3、(MHC)，是人類基因組中與免疫功能相關(guān)最密切的一個區(qū)域，由于該基因和免疫機(jī)制聯(lián)系密切且具有豐富的多態(tài)性，決定了其成為探索免疫性疾病基因遺傳背景的一個重點(diǎn)研究靶位。目前，已有研究表明HLA—Ⅱ類基因中多態(tài)性最豐富的HLA—DRB1和DQB1的等位基因與類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的發(fā)生相關(guān)，但這兩個基因的SNP位點(diǎn)如何與RA相關(guān)聯(lián)并不清楚。 目的：本研究通過檢測HLA—DRB1基因和DQB區(qū)域的SNP位點(diǎn)，分析基因和基因型頻率，初步探討HLA—

4、Ⅱ類基因SNP位點(diǎn)與RA的相關(guān)性，預(yù)期發(fā)現(xiàn)與RA發(fā)病相關(guān)的SNP位點(diǎn)。 方法：應(yīng)用生物信息學(xué)的方法對HLA—DRB1基因編碼區(qū)SNP位點(diǎn)進(jìn)行初步分析，同時參考國外的研究報道，選擇11個SNP位點(diǎn)做為候選位點(diǎn)，進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。按類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的診斷標(biāo)準(zhǔn)篩選病例，以30例蘇皖地區(qū)類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者為研究對象，30例健康人為對照組。采集靜脈血，用酚—氯仿法提取全血DNA。用序列特異性引物聚合酶鏈反應(yīng)(PCR—SSP)技術(shù)檢測11個位點(diǎn)的基因

5、和基因型頻率。 結(jié)果：HLA—DRB1基因的編碼區(qū)非同義SNP位點(diǎn)經(jīng)生物信息學(xué)對比得出3個可能產(chǎn)生有害突變的SNP(rs1059576、rs1059582、rs1059586)經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證表明，這3個SNP位點(diǎn)與RA并無相關(guān)性。隨機(jī)選擇的經(jīng)生物信息學(xué)比對未產(chǎn)生有害突變的4個SNP位點(diǎn)在RA組和健康人對照組之間無統(tǒng)計學(xué)意義。DQB區(qū)域的NOTCH4基因2個SNP位點(diǎn)(rs2071282、rs2071283)與RA有明顯相關(guān)性，DQB