斜帶石斑魚(yú)和赤點(diǎn)石斑魚(yú)線粒體基因組全序列研究.pdf

1、本文通過(guò)設(shè)計(jì)13對(duì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增并測(cè)序，首次獲得并分析斜帶石斑魚(yú)(Epinephelus coioides)和赤點(diǎn)石斑魚(yú)(Epinephelus akaara)線粒體基因組全序列，探討石斑魚(yú)類(lèi)線粒體DNA(Mitochondrial DNA， mtDNA)分子進(jìn)化的特點(diǎn)，并結(jié)合鱸形目其它種類(lèi)的mtDNA進(jìn)行了線粒體全基因組水平的系統(tǒng)發(fā)育分析。主要結(jié)果如下： 1.斜帶石斑魚(yú)和赤點(diǎn)石斑魚(yú)mtDNA全序列長(zhǎng)度分別為16418bp和

2、16795bp，都包括13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，2個(gè)rRNA基因，22個(gè)tRNA基因，和1個(gè)控制區(qū)。在堿基組成上都呈現(xiàn)顯著的反G偏倚且主要表現(xiàn)在由H鏈編碼的12個(gè)蛋白質(zhì)基因中。2種石斑魚(yú)的各同源蛋白質(zhì)編碼基因的起始密碼子均相同，除了COI和ATP6分別以GTG和CTG為起始密碼子外，其余11個(gè)基因的起始密碼子都為標(biāo)準(zhǔn)起始密碼子ATG；但終止密碼子的使用卻不盡相同，包括TAA，TAG和T。22個(gè)tRNA中，除了tRNA-Ser(GCT)，其余

3、21個(gè)tRNA都能形成三葉草結(jié)構(gòu)；各個(gè)臂、反密碼子環(huán)和TψC環(huán)較保守，主要的長(zhǎng)度變異集中在DHU環(huán)。識(shí)別了2種石斑魚(yú)控制區(qū)中的終止結(jié)合序列，中央保守區(qū)和保守序列區(qū)?？刂茀^(qū)是AT富集區(qū)，也是整個(gè)mtDNA中變異最大的區(qū)域。2種石斑魚(yú)控制區(qū)長(zhǎng)度差異較大，主要是由終止結(jié)合序列區(qū)內(nèi)串聯(lián)重復(fù)單位的長(zhǎng)度和重復(fù)次數(shù)的差異造成。 2.比較分析目前石斑魚(yú)類(lèi)已知的3個(gè)種類(lèi)(斜帶石斑魚(yú)、赤點(diǎn)石斑魚(yú)和豹紋鰓棘鱸Plectropomus leopardu

4、s)的線粒體基因組，結(jié)果表明幾類(lèi)基因和區(qū)域的進(jìn)化速率是：rRNA，tRNA< 蛋白質(zhì)編碼基因< L-鏈復(fù)制起始區(qū)<控制區(qū)。13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因按變異大小可以分為4類(lèi)： COⅠ、COⅡ、COⅢ < Cyt b、ND1、ND4、ND4L < ATP6、ND2、ND3、ND5 < ATP8、ND6。22個(gè)tRNA中進(jìn)化得最慢的是tRNA-Gln、tRNA-Ser(TGA)和tRNA-Asn，進(jìn)化得最快的是tRNA-Ser(GCT)和tRNA-

5、Val。通過(guò)線粒體全序列估算斜帶石斑魚(yú)和赤點(diǎn)石斑魚(yú)分歧時(shí)間約為15.4百萬(wàn)年，而豹紋鰓棘鱸與斜帶石斑魚(yú)和赤點(diǎn)石斑魚(yú)的分歧時(shí)間分別為27.2和27.3百萬(wàn)年。 3.結(jié)合目前已知的鱸形目魚(yú)類(lèi)線粒體基因組序列數(shù)據(jù)，以日本遠(yuǎn)東擬沙丁魚(yú)(Sardinops melanostoctis)為外群，構(gòu)建了46種鱸形目魚(yú)類(lèi)線粒體蛋白質(zhì)編碼基因MP系統(tǒng)樹(shù)。結(jié)果表明，(1)隆頭魚(yú)亞目Labroidei，鰕虎魚(yú)亞目Gobioidei，鳚亞目Blenni

6、oidei和喉盤(pán)魚(yú)亞目Gobiesocoidei在所研究的鱸形目魚(yú)類(lèi)中較原始；而綿鳚亞目Zoarcoidei，龍?chǎng)寔喣縏rachinoidei，鱸亞目Percoidei，羊魴亞目Caproidei和鯖亞目Scombroidei較晚分化。(2)鯖科的6個(gè)種類(lèi)，鲹科的3個(gè)種類(lèi)，麗魚(yú)科的4個(gè)種類(lèi)和鰕虎魚(yú)亞目3個(gè)科的4個(gè)種類(lèi)都各自聚為單系群。(3)石斑魚(yú)類(lèi)處于鱸形目中較晚分化的分支中，它們所在的鮨科與尖吻鱸科和鯛科有較近的親緣關(guān)系，其次是笛鯛科