草魚微衛(wèi)星標記開發(fā)及9個養(yǎng)殖群體遺傳多樣性分析.pdf

1、草魚（Ctenopharyngodon idella）在黑龍江、珠江和長江等水域中分布廣泛，是我國最重要的淡水養(yǎng)殖魚類。本研究通過磁珠富集法，分離篩選多態(tài)性微衛(wèi)星標記400余個，為草魚遺傳連鎖圖譜加密工作打下基礎；建立了5組適用于檢測草魚不同群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星多重PCR體系；對來自國內(nèi)外共9個草魚養(yǎng)殖群體進行了遺傳多樣性研究，以期為草魚種質資源的監(jiān)測、評估和利用提供理論依據(jù)。主要內(nèi)容如下：
　　1.草魚多態(tài)性微衛(wèi)星標記的篩選與

2、分析
　　通過改進的磁珠富集法，以生物素標記(CA)10和(GACA)6作為探針，構建以兩堿基和四堿基為重復單元的草魚微衛(wèi)星文庫，一共得到3000余條含有微衛(wèi)星片段的序列。設計引物，并依次通過 AGE和PAGE電泳檢測，成功篩選出多態(tài)性微衛(wèi)星引物465對，從中隨機挑選25對，對60個黑龍江草魚基因組DNA進行擴增和STR分型，分析其多態(tài)性水平。結果顯示：此25個微衛(wèi)星位點全部表現(xiàn)出多態(tài)性，每個位點等位基因數(shù)量在3-15之間，平均值

3、為6.52；觀測雜合度0.350-0.950；期望雜合度0.439-0.843；3個位點表現(xiàn)出偏離群體哈迪-溫伯格平衡(P<0.05)；18個位點顯示出高水平的多態(tài)信息含量(PIC>0.5)，可以作為草魚遺傳連鎖圖譜加密的備用標記，同時也能夠作為草魚遺傳多樣性、遺傳結構等研究的理想微衛(wèi)星標記。
　　2.適用于檢測草魚不同群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星多重PCR體系建立
　　通過從草魚遺傳連鎖圖譜和自主開發(fā)的微衛(wèi)星磁珠富集文庫中挑選出

4、雜合度高、且位點豐富的多態(tài)性微衛(wèi)星標記共53個，合成熒光引物，經(jīng)4個不同野生草魚基因組 DNA二次篩選、組合，建立起5組多重 PCR體系（共20個微衛(wèi)星標記），通過來自沅江、成都、洪湖和安鄉(xiāng)群體共80個草魚基因組 DNA進行多態(tài)性檢測。結果顯示：等位基因數(shù)（Na）介于8-28之間，有效等位基因數(shù)（Ne）介于3.09-19.66之間，觀測雜合度（Ho）介于0.713-0.975之間，期望雜合度（He）介于0.681-0.955之間，多態(tài)信

5、息含量（PIC）介于0.652-0.947之間，20個微衛(wèi)星位點全部屬于高度多態(tài)性位點（PIC>0.5）。此20個多態(tài)性微衛(wèi)星位點的多態(tài)信息含量、雜合度和等位基因數(shù)均屬于較高水平，能夠提供豐富的遺傳信息，適用于草魚不同群體的遺傳多樣性和遺傳結構檢測分析。
　　3.國內(nèi)外9個草魚養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性分析
　　利用自主開發(fā)的多重PCR體系，對來自長江流域（沅江、成都、洪湖和常德安鄉(xiāng)）、天津、韶關以及越南北寧、印度戈勒克布爾和尼泊

6、爾黑道達共9個草魚養(yǎng)殖群體進行了遺傳多樣性和遺傳結構分析。遺傳多樣性分析顯示，所有位點均為高度多態(tài)性位點（PIC介于0.542-0.950），9個養(yǎng)殖群體顯示出較高的遺傳多樣性水平（Ho介于0.552-0.972），國內(nèi)6個以及越南群體的遺傳多樣性水平相對較高。瓶頸效應顯示，9個群體雜合過剩嚴重，除成都群體外，其余群體都不同程度偏離突變-漂移平衡，說明由于人為因素，草魚養(yǎng)殖群體數(shù)量近期發(fā)生驟降，遺傳基因的正常世代傳遞和改變（遺傳漂變）受

7、到嚴重威脅。群體遺傳分化指數(shù)（FST）和AMOVA分析結果表示，群體內(nèi)以及群體間均顯示出極顯著遺傳分化，整體分化水平較高（群體間53％達到了低度或中度遺傳分化，F(xiàn)ST>0.05）。遺傳距離分析和UPGMA聚類樹結果顯示，國內(nèi)6個群體間遺傳距離較近；越南和國內(nèi)群體遺傳距離相對較近，印度和尼泊爾群體較為獨立。遺傳結構分析顯示，9個群體被劃為6個理論群，安鄉(xiāng)和韶關群體較獨立，其余3個長江流域和天津群體遺傳信息相似，國內(nèi)群體（除韶關外）與越南群