大白菜根響應(yīng)根腫菌侵染的基因表達(dá)研究.pdf

1、大白菜根腫病由蕓薹根腫菌(Plasmodiophora brassicae Woron)侵染引起，是危害十字花科作物的一種世界性土傳病害。本研究利用無參 RNA-Seq技術(shù)，對(duì)接種根腫菌后的根系進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，通過與不同的基因組數(shù)據(jù)庫比對(duì)，進(jìn)行功能注釋，并利用生物技術(shù)平臺(tái)篩選出根腫菌侵染后根組織表達(dá)有差異的基因，從細(xì)胞周期和胼胝質(zhì)積累兩方面初步探討大白菜響應(yīng)根腫菌侵染的分子機(jī)理。研究獲得如下結(jié)果：
　　1.應(yīng)用無參 RNA-Seq

2、技術(shù)構(gòu)建大白菜根組織轉(zhuǎn)錄組，共獲得20.8Gb的數(shù)據(jù)量， Denovo組裝后獲得Unigenes65128條；Gene mapping分析有53045條Unigenes得到注釋。差異表達(dá)分析共篩選出差異基因4986個(gè)，其中下調(diào)基因3394個(gè)，上調(diào)基因1592個(gè)。KEGG分析發(fā)現(xiàn)111條代謝通路，涉及1672個(gè)差異基因。
　　2.應(yīng)用熒光定量PCR，對(duì)細(xì)胞周期中︱LOG2(TR/CK)︱≥2差異表達(dá)基因進(jìn)行相對(duì)定量分析。結(jié)果表明，根

3、腫菌侵染大白菜根后多個(gè)與細(xì)胞周期相關(guān)基因表現(xiàn)差異，轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果與熒光定量表達(dá)結(jié)果一致。侵染后促細(xì)胞周期基因 CDKA;1、DOF1.7、CDKB1;1表達(dá)量上調(diào)，而抑細(xì)胞周期基因DELLA-RGA1表達(dá)下調(diào)，從而加快啟動(dòng)細(xì)胞周期，調(diào)控細(xì)胞增殖。
　　3.應(yīng)用熒光定量PCR，對(duì)胼胝質(zhì)沉積中︱LOG2(TR/CK)︱≥2差異表達(dá)的基因進(jìn)行相對(duì)定量分析。結(jié)果表明，根腫菌侵染大白菜根多個(gè)胼胝質(zhì)沉積相關(guān)基因表現(xiàn)差異，轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果與熒光定