中國漢族人群散發(fā)性肌萎縮側(cè)索硬化癥的易感基因位點(diǎn)研究.pdf

1、目的:肌萎縮側(cè)索硬化癥(Amyotrophiclateralsclerosis,ALS)是一種致死性的神經(jīng)變性疾病。根據(jù)ALS遺傳特點(diǎn),可以將其分為家族性ALS和散發(fā)性ALS。其中,散發(fā)性ALS作為一種復(fù)雜疾病,為環(huán)境和基因的共同作用的結(jié)果。全基因組關(guān)聯(lián)研究(Genome-wideassociationstudy,GWAS)為單核苷酸多態(tài)性(Singlenucleuspolymorphism,SNP)位點(diǎn)的高覆蓋率的研究方法。迄今為止,

2、運(yùn)用GWAS技術(shù)已成功的發(fā)現(xiàn)了多種復(fù)雜疾病的風(fēng)險致病基因?；贏LS的GWAS研究在西方人群中發(fā)現(xiàn)了大量的風(fēng)險SNP位點(diǎn),提示了可能的風(fēng)險致病基因,為ALS疾病的發(fā)病機(jī)制提供新的研究方向。GWAS研究以及SNP位點(diǎn)驗(yàn)證研究提示ALS的發(fā)病具有人群異質(zhì)性,不同人群ALS具有不同的致病基因。西方人群GWAS研究報道較為常見,但是關(guān)于中國漢族人群ALS患者的GWAS研究未見報道。中國人群中ALS的致病基因?yàn)楹?中國人群的致病基因和西方人群是否

3、具有種族差異皆未知。本研究將通過Illumina芯片及SequenomeMassArray系統(tǒng)分型技術(shù),探討中國漢族人群和西方人群中ALS疾病風(fēng)險SNP位點(diǎn)差異,并通過GWAS研究探索中國漢族人群ALS患者特異性的風(fēng)險SNP位點(diǎn),定位致病基因。
　　方法:在全國多家醫(yī)院的神經(jīng)內(nèi)科門診收集ALS病例,并通過其他門診及健康體檢中心收集與患者性別、年齡匹配的健康對照。經(jīng)過嚴(yán)格篩選,一共入組1,239例ALS患者,3,669例健康對照。1

4、)篩選其中的706例患者及1,777例健康對照,利用SequenomeMassArray系統(tǒng)分型技術(shù),驗(yàn)證國外既往西方人群中發(fā)現(xiàn)的與疾病相關(guān)5個SNP位點(diǎn),通過比較這些位點(diǎn)在中國漢族人群中患者與健康對照最小等位基因頻率(Minorallelefrequency,MAF)差異,探討這些風(fēng)險SNP位點(diǎn)是否為中國漢族人群ALS的風(fēng)險位點(diǎn)。2)篩選其中533例患者及1,892例正常對照,利用lluminaHuman660-QuardBeadCh

5、ip對被試進(jìn)行全基因組基因分型,并將分型后得到的具有顯著提示意義的SNP位點(diǎn)納入到驗(yàn)證階段。驗(yàn)證階段在另外一組中國漢族人群中進(jìn)行,利用SequenomeMassArray系統(tǒng)分型技術(shù)對這些SNP位點(diǎn)進(jìn)行分型,并統(tǒng)計每個位點(diǎn)正常對照與患者組之間MAF差異。從而獲得具有統(tǒng)計學(xué)差異的SNP位點(diǎn)。3)查詢該SNP所在的染色體區(qū)域內(nèi)基因組重組率情況及與周圍其他SNP的連鎖不平衡情況,通過基因填補(bǔ)分析(Imputation)方法以明確該SNP可能提

6、示的易感基因。4)在多個西方人群中(美國、英國、法國、愛爾蘭、比利時、瑞典、荷蘭)3,500例患者及1,0035例健康對照中驗(yàn)證在中國人群中發(fā)現(xiàn)的SNP位點(diǎn),結(jié)合中國漢族人群驗(yàn)證西方人群風(fēng)險位點(diǎn)結(jié)果,探討ALS的發(fā)病是否具有人群異質(zhì)性。
　　結(jié)果:在中國漢族人群中驗(yàn)證5個既往報道的ALS相關(guān)的風(fēng)險SNP位點(diǎn)研究結(jié)果提示,rs10608932和rs3849942因偏離了遺傳平衡定律(P<0.05)而被剔除了。rs2306677,rs

7、10260404,rs2814707的MAF在中國漢族人群中ALS患者及正常對照之間無顯著差異(rs2306677,p=0.7416;rs10260404,p=0.3557;rs2814707,p=0.5212)。在中國漢族人群GWAS研究的初篩階段,獲得了90個具有顯著提示作用的位點(diǎn),在驗(yàn)證階段,90個SNP位點(diǎn)中的4個位點(diǎn)提示與疾病關(guān)聯(lián),rs6703183(P=1.98×10?5),rs8141797(P=1.36×10?5),rs

8、2055627(P=1.49×10?3)以及rs32897(P=4.18×10?2)。其中,rs6703183和rs8141797在Bonfferoni校正后仍提示疾病關(guān)聯(lián)性,而另外兩個SNP位點(diǎn)rs2055627和rs32897未通過Bonfferoni校正。合并初篩及驗(yàn)證階段樣本,以上四個位點(diǎn)都表現(xiàn)出更顯著的疾病關(guān)聯(lián)度。rs6703183和rs8141797達(dá)到了全基因組關(guān)聯(lián)分析顯著性(rs6703183,Pcombined=2.9

9、2×10?8,OR=1.31;rs8141797Pcombined=2.35×10?9,OR=1.52)。通過基因填補(bǔ)分析,明確中國漢族人群ALS的風(fēng)險基因?yàn)镃AMK1G和SUSD2。西方人群驗(yàn)證中國漢族人群發(fā)現(xiàn)的SNP位點(diǎn)rs6703183和rs8141797結(jié)果顯示,無論是在單個西方人群還是總的西方人群中,此兩個SNP位點(diǎn)皆未顯示與ALS疾病的關(guān)聯(lián)性。
　　結(jié)論:
　　1.西方人群發(fā)現(xiàn)的與ALS疾病相關(guān)的SNP位點(diǎn),在中