膽囊結(jié)石病致病基因定位和篩選研究.pdf

1、第一部分應(yīng)用單核苷酸多態(tài)性分析技術(shù)篩查中國(guó)人膽囊結(jié)石病致病基因 目的：本課題組曾運(yùn)用全基因組掃描連鎖分析技術(shù)對(duì)膽囊結(jié)石病進(jìn)行致病基因定位研究，發(fā)現(xiàn)3號(hào)染色體上位點(diǎn)D3S1266和膽囊結(jié)石病連鎖。本研究在此基礎(chǔ)上，利用單核苷酸多態(tài)性(SNP)分析技術(shù)，對(duì)D3S1266附近的候選基因進(jìn)行SNPs篩查，并通過(guò)病例-對(duì)照研究探討其和膽囊結(jié)石病的相關(guān)性。 方法：從24個(gè)膽囊結(jié)石病家系中各取1個(gè)膽囊結(jié)石病樣本作為SNP篩查樣本。以位

2、于D3S1266附近的膽囊收縮素(CCK)和固醇12α羥化酶(CYP881)作為候選基因，采用直接測(cè)序法檢測(cè)這些基因啟動(dòng)子、外顯子以及其臨近內(nèi)含子區(qū)域的SNPs，對(duì)位于啟動(dòng)子和外顯子區(qū)頻率大于5％的SNPs首先在各24例的病例一對(duì)照和96例的病例一對(duì)照中進(jìn)行初步關(guān)聯(lián)研究，然后對(duì)在病例組和對(duì)照組之間分布存在顯著性差異的SNPs，再在各192例的病例一對(duì)照中進(jìn)行進(jìn)一步關(guān)聯(lián)研究。 結(jié)果：(1)CCK和CYP8Bl測(cè)序總長(zhǎng)度分別為246

3、3bp和5119bp，共發(fā)現(xiàn)18個(gè)SNP，平均42lbp有1個(gè)SNP，其中啟動(dòng)子區(qū)有7個(gè)SNP，編碼區(qū)有2個(gè)SNP(改變氨基酸編碼的1個(gè))，內(nèi)含子區(qū)有3個(gè)SNP， 3’非翻譯區(qū)(3’UTR)有6個(gè)SNP。非編碼區(qū)平均34lbp有1個(gè)SNP，而編碼區(qū)平均925 bp有1個(gè)SNP。和美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心(NCBI)的SNP數(shù)據(jù)庫(kù)(Build 35)相比，數(shù)據(jù)庫(kù)中分別有5個(gè)CCK和12個(gè)CYP881的SNP本次研究沒有檢測(cè)到，而本次檢測(cè)到

4、的3個(gè)CYP881的SNP該數(shù)據(jù)庫(kù)沒有收錄。(2)病例一對(duì)照研究的初步關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)CYP8Bl基因3’UTR區(qū)E／3310(A／G)的G等位基因頻率在病例-對(duì)照組之間分布有顯著性差別，P值分別為0.03和0.001，進(jìn)一步關(guān)聯(lián)研究差別同樣存在，P=0.022，對(duì)照組中G等位基因頻率明顯高于病例組。CCK基因的SNP在病例一對(duì)照組之間分布無(wú)顯著性差別(P>0.05)。結(jié)論：(1)CCK和CYP881基因中共發(fā)現(xiàn)18個(gè)SNP，它們?cè)诨蚓幋a

5、區(qū)和非編碼區(qū)的分布不均勻，且存在種族差異；(2)CCK和檢測(cè)人群膽囊結(jié)石病發(fā)病不相關(guān)；(3)CYP881 E／3310(A／G)和膽囊結(jié)石形成有關(guān)，G等位基因?qū)δ懩医Y(jié)石病發(fā)病有保護(hù)作用。 第二部分一個(gè)大型膽囊結(jié)石病家系發(fā)病因素和致病基因定位研究 目的：通過(guò)流行病學(xué)調(diào)查研究—大型膽囊結(jié)石病家系發(fā)病的危險(xiǎn)因素，并運(yùn)用全基因組掃描連鎖分析技術(shù)對(duì)該膽囊結(jié)石病家系致病基因進(jìn)行定位研究。 方法：采用問卷、B超和實(shí)驗(yàn)室檢查的

6、方法收集該家系的一般情況和發(fā) 病情況。致病基因定位研究分三個(gè)步驟：(1)采用部分家系成員進(jìn)行全基因組初步掃描；(2)采用全部家系成員對(duì)含可能陽(yáng)性連鎖位點(diǎn)的染色體再掃描；(3)增加位點(diǎn)密度后的全基因組掃描。連鎖分析用Linkage(version 5.1)軟件。 結(jié)果：(1)該家系四代11 3人，男55人，女58人。患者33人，男1 3人，女20人，女性患病率(34.48％)高于男性(23.64％)。先證者一級(jí)親屬遺傳度

7、h<'2>=86.38％±46.46％。膽石病患者平均體重指數(shù)25.06±2.59kg／m<'2>,顯著高于非膽石病者平均體重指數(shù)22.69±3.24 kg／m<'2>(P=-O.012)。膽石病患者中有高血壓、高血脂病史者明顯多于非膽石病者，P值分別為<0.01和0.017。(2)全基因組初步掃描發(fā)現(xiàn)，8條染色體上有18個(gè)位點(diǎn)的LOD值大于0.5，大多數(shù)分布在2和3號(hào)染色體上，D2S325的LOD值最大，為1.77。增加家系成員對(duì)2和