食源性致病菌金黃色葡萄球菌檢測(cè)標(biāo)記的發(fā)掘研究.pdf

1、本文利用已有的微生物基因組全序列信息資源，采用比較基因組學(xué)和生物信息學(xué)相結(jié)合的方法，發(fā)掘到S. aureus的新特異性檢測(cè)標(biāo)記，在此基礎(chǔ)上建立了S.aureus PcR檢測(cè)技術(shù)。其主要內(nèi)容如下： 利用微生物基因組資源和比較基因組學(xué)的研究方法，采用perl編程語(yǔ)言編寫(xiě)了序列格式轉(zhuǎn)化軟件、基因組序列分割軟件以及自動(dòng)調(diào)用序列比對(duì)BLASTN的軟件。通過(guò)S.aureus種內(nèi)序列的比對(duì)分析，總共獲得S. aureus種內(nèi)保守的序列片段40

2、09個(gè)，再將這些種內(nèi)保守片段與其他微生物基因組序列進(jìn)行比對(duì)分析，剔除其中相同的序列片段，保留下來(lái)1371個(gè)種間特異性片段，即為S. aureus分子檢測(cè)標(biāo)記。 對(duì)S.aureus檢測(cè)標(biāo)記序列進(jìn)行基因注釋和生物學(xué)原理的分析，篩選獲得了3個(gè)S. aureus分子檢測(cè)標(biāo)記，sarA、permease和vicK三個(gè)基因序列。通過(guò)引物設(shè)計(jì)和PCR擴(kuò)增，20株細(xì)菌驗(yàn)證表明：sarA、permease不具有金黃色葡萄球菌種的特異性；119株細(xì)

3、菌驗(yàn)證表明：vick基因擴(kuò)增得到預(yù)期的289bp特異性片段，顯示vicK具有良好的種特異性，是S.aureus分子檢測(cè)標(biāo)記。 以vicK基因序列為S.aureus特異性檢測(cè)標(biāo)記，經(jīng)過(guò)優(yōu)化PCR反應(yīng)體系的眾多參數(shù)，建立了S.aureus PCR檢測(cè)方法。該反應(yīng)體系為：1μl Taq DNAPolymerase(2.5U/μl)，5μl10×PCR Buffer，3μl MgCl<,2>(25 mmol/L)，4μl dNTPMix