家蠶EST分析系統(tǒng)的構(gòu)建及初步分析.pdf

1、以公共數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ)，建立了以核酸為主的家蠶專(zhuān)門(mén)化分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。在建立數(shù)據(jù)庫(kù)的基礎(chǔ)上，初步實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用，包括核酸電子自動(dòng)延伸系統(tǒng)、基于Web的本地化BLAST同源序列檢索程序以及結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)等。它將為建立家蠶的生物信息學(xué)研究平臺(tái)打下基礎(chǔ)。本研究的主要內(nèi)容及結(jié)果如下：　　1.建立了專(zhuān)門(mén)化的家蠶分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。序列數(shù)據(jù)庫(kù)中以EST數(shù)據(jù)庫(kù)和HTGS數(shù)據(jù)庫(kù)為主。其中，家蠶的EST數(shù)據(jù)庫(kù)中的記錄量超過(guò)了12萬(wàn)。　　2.建立了核酸序列電子自

2、動(dòng)延伸系統(tǒng)。對(duì)于家蠶cDNA序列可以進(jìn)行有效、迅速的延伸。對(duì)于給定的258-wd-041103(re)(比s270少A)_001_802R_2004-09-17-Y和S238F-1yl-040819(以上均為實(shí)驗(yàn)室編制序號(hào))兩條驗(yàn)證序列，該系統(tǒng)都進(jìn)行了有效的延伸?！　?.建立了基于Web的本地化BLAST同源比對(duì)程序。檢索方式、參數(shù)選擇、結(jié)果格式均與NCBI類(lèi)似，便于進(jìn)行交流?！　?.建立了以人為主的參照數(shù)據(jù)庫(kù)。人基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù)和蛋