13777.基于ngs的生物信息平臺cbrowse的實(shí)現(xiàn)與應(yīng)用

1、廈門大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人呈交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下，獨(dú)立完成的研究成果。本人在論文寫作中參考其他個人或集體已經(jīng)發(fā)表的研究成果，均在文中以適當(dāng)方式明確標(biāo)明，并符合法律規(guī)范和《廈門大學(xué)研究生學(xué)術(shù)活動規(guī)范(試行)》。另外，該學(xué)位論文為()課題(組)的研究成果，獲得()課題(組)經(jīng)費(fèi)或?qū)嶒?yàn)室的資助，在()實(shí)驗(yàn)室完成。(請?jiān)谝陨侠ㄌ杻?nèi)填寫課題或課題組負(fù)責(zé)人或?qū)嶒?yàn)室名稱，未有此項(xiàng)聲明內(nèi)容的，可以不作特別聲明。)聲明人(簽名)：李；尹力。

2、多年舌月步日摘要DNA測序技術(shù)是現(xiàn)代生物學(xué)研究的重要手段，近年來，隨著下一代測序技術(shù)的問世，測序通量急速增長，測序成本直線下跌，使得對動植物分子生物相關(guān)問題的分析研究變得切實(shí)可行。然而，如何分析如此高通量數(shù)據(jù)集面臨前著所未有的挑戰(zhàn)。目前就無標(biāo)準(zhǔn)基因組測序的非模式生物序列研究而言，亟需建立一套數(shù)據(jù)可視化多方位數(shù)據(jù)分析的生物信息平臺。本文針對下一代測序技術(shù)(NGS)下非模式生物序列數(shù)據(jù)特征，設(shè)計并實(shí)現(xiàn)了一套綜合生物信息網(wǎng)絡(luò)分析平臺CBrow

3、se。論文主要研究內(nèi)容如下：(1)闡述了國內(nèi)外的生物信息平臺的研究現(xiàn)狀，針對下一代測序技術(shù)下的非模式生物序列數(shù)據(jù)，提出了一套生物信息分析平臺CBrowse解決方案，并重點(diǎn)闡述了CBrowse的系統(tǒng)設(shè)計。(2)該平臺是在LinuxApache2MySQLPHP下搭建的，它以MySQL作為后臺數(shù)據(jù)庫，采用B／S三層架構(gòu)，應(yīng)用Dojo、MapEasy前端AJAX框架，實(shí)現(xiàn)了一套綜合生物信息網(wǎng)絡(luò)分析平臺CBrowse。(3)提出了基于SAM／B

4、AM的數(shù)據(jù)處理流程，它以SAM／BAM作為數(shù)據(jù)存儲交互容器，采用Samtools建立高效的三層索引，綜合Phobos、Samtools、Bcfiools，blast等生物信息工具，以及自主開發(fā)C生物運(yùn)行庫，對元數(shù)據(jù)堿基多態(tài)性和簡單重復(fù)序列進(jìn)行多方位檢測分析，率先將類GoogleM印引入基因圖譜展示，實(shí)現(xiàn)了圖譜快速定位、平滑拖動、位點(diǎn)高亮顯示等多項(xiàng)功能。(4)綜合NCBI的GenBank的花生核苷酸數(shù)據(jù)集、SRA數(shù)據(jù)集和中國農(nóng)科院發(fā)布的轉(zhuǎn)

5、錄組數(shù)據(jù)集，提出了一系列數(shù)據(jù)加工整合處理方案，形成了首套花生Contig數(shù)據(jù)集；并將該數(shù)據(jù)集與CBrowse、自主開發(fā)的WebBlast和SequenceViewer等生物信息組件相結(jié)合，發(fā)布了第一套網(wǎng)絡(luò)花生Contigs數(shù)據(jù)庫PeanutDB?？傮w上，CBrowse實(shí)現(xiàn)了元數(shù)據(jù)的多方位分析，可輔助生物工作者直觀理解生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，有利于加深理解基因表達(dá)調(diào)控及進(jìn)化機(jī)制的研究，且為后續(xù)不同物種序列分析及數(shù)據(jù)庫搭建提供了思路和基礎(chǔ)。關(guān)鍵詞：下