玉米全基因組CCCH鋅指蛋白基因家族進(jìn)化分析.pdf

1、CCCH類型鋅指蛋白是植物鋅指蛋白中的一大類，它包含一個(gè)或多個(gè)由三個(gè)半胱氨酸殘基和一個(gè)組氨酸殘基組成的基序。玉米中CCCH蛋白研究非常少。到目前為止沒(méi)有任何研究從基因組水平對(duì)此基因家族進(jìn)行分析。本研究運(yùn)用生物信息學(xué)的方法對(duì)玉米全基因組CCCH鋅指蛋白基因家族進(jìn)行分析，系統(tǒng)研究這些基因的結(jié)構(gòu)特征和進(jìn)化關(guān)系，并與擬南芥進(jìn)行比較，獲得如下主要結(jié)果：
　　 1.采用BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)

2、和HMM(HiddenMarkovModel)分析方法，對(duì)玉米全基因組進(jìn)行搜索比對(duì)，共鑒定出68個(gè)標(biāo)準(zhǔn)CCCH基因，68個(gè)CCCH(ZmC3H1-68)基因可以分為7個(gè)亞家族。
　　 2.玉米CCCH基因染色體位置分析結(jié)果表明，這些基因在染色體上的分布是不均等的，其中以3號(hào)和8號(hào)染色體上分布最多，7號(hào)和9號(hào)染色體上分布較少。通過(guò)對(duì)玉米CCCH基因復(fù)制的研究，發(fā)現(xiàn)基因復(fù)制主要發(fā)生在3號(hào)和8號(hào)染色體上.研究表明基因的片段復(fù)制對(duì)CCC

3、H鋅指蛋白數(shù)量擴(kuò)張起到顯著作用。通過(guò)計(jì)算Ka/Ks的比值，玉米中發(fā)生基因復(fù)制的CCCH基因主要經(jīng)歷了純化選擇并且估計(jì)了與CCCH基因相關(guān)片段復(fù)制事件發(fā)生的時(shí)間。
　　 3.對(duì)玉米CCCH基因的結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，位于進(jìn)化樹同一亞家族的成員其基因結(jié)構(gòu)非常相似，所含外顯子和內(nèi)含子的數(shù)目也基本相同。分析結(jié)果顯示玉米CCCH蛋白的結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜，CCCH基序中3個(gè)半胱氨酸殘基和1個(gè)組氨酸殘基是高度保守的。
　　 4.在預(yù)測(cè)的12個(gè)可能參