松材線蟲sod基因的克隆及其親緣關系的探討.pdf

1、超氧化物歧化酶(sod)基因是生物體重要的基因之一。Sod消除氧化還原反應中產(chǎn)生的超氧化物,避免細胞因過氧化而損傷衰老。Sod基因在進化上具有較高的保守性,而這種保守性又反應出sod對于生物體的重要性。國內外學者已對許多動物的sod基因進行了研究,但有關松材線蟲的sod基因的研究到目前為止還未見報道。因此,本實驗對松材線蟲(Bursaphelenchus xylophilus)的sod基因進行初步的研究,并探討了松材線蟲sod基因的特點

2、和進化關系,所得結果如下。
　　 1.松材線蟲sod基因的克隆
　　 本實驗參照秀麗隱桿線蟲(Caenorhabditis elegans)sod3基因(NM078363.5),利用Primer Premier5軟件設計引物,擴增松材線蟲的sod基因,經(jīng)過對RT-PCR產(chǎn)物純化,并用pEASY-T1克隆載體對目的片段進行克隆和測序得到長度為296bp的核酸片段,該片段編碼98個氨基酸殘基。將該序列與秀麗隱桿線蟲的sod3

3、基因的核酸序列和氨基酸序列在GenBank上比對,核酸序列相似性達到70％以上,氨基酸序列相似性達到75％以上,確定克隆的核酸序列確實是sod基因部分序列。
　　 2.松材線蟲sod基因片段親緣關系的探討
　　 將擴增的核酸序列在NCBI上進行檢索,篩選出相似程度較高的屬于26個物種的40個核酸序列。利用MEGA5.03軟件對上述序列和克隆的松材線蟲的sod核酸序列及其編碼的蛋白質序列進行分析,計算遺傳距離,采用鄰接法(

4、Neighor-Joining method,NJ法)和最大簡約(Maximum Parsimonymethod,MP法),以海葵(Nematostella vectensis)為外群(out group)構建系統(tǒng)樹,對松材線蟲的sod基因與其他物種的sod基因進行親緣關系分析。
　　 利用核酸和氨基酸序列分別構建的系統(tǒng)樹得到基本一致的結果:系統(tǒng)樹大體分為了3個主支,一支為原口動物(protostome)包括線蟲動物門,星蟲動物