數(shù)字實(shí)驗(yàn)室邁向無紙化

1、數(shù)字?jǐn)?shù)字實(shí)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室邁向無向無紙化馮詩齊編譯●這回并不只是回并不只是說說說說而已，本文敘述的而已，本文敘述的實(shí)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室管理室管理軟件和件和電子記事本事本——從追蹤從追蹤試劑試劑供給到分享到分享實(shí)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)報(bào)告等告等——正在正在邁向—個(gè)無個(gè)無紙化實(shí)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室的室的時(shí)代。幾十年來人代。幾十年來人們一直在追求的目一直在追求的目標(biāo)，現(xiàn)在看來最在看來最終要實(shí)現(xiàn)實(shí)現(xiàn)了。了。斯坦福大學(xué)詹姆斯H克拉克中心詹姆斯H克拉克中心的地下室擁有現(xiàn)代影像學(xué)實(shí)驗(yàn)室的全套裝備

2、：一臺(tái)X射線掃描儀在工作著，旁邊是一臺(tái)專用于掃描小鼠大腦的微型磁共振成像儀(MRI)。這種儀器是中心所在的加州斯坦福大學(xué)研究人員一直在期待的設(shè)備。然而有一臺(tái)“設(shè)備”的缺席引起了人們的注意：這就是毫不起眼的紙質(zhì)記事本。米歇爾詹姆斯(MichelleJames)在用她的iPad做筆記、檢查實(shí)驗(yàn)計(jì)劃和觀察她的有關(guān)阿爾茨海默氏癥的早期檢測技術(shù)的實(shí)驗(yàn)進(jìn)程。4個(gè)月前，詹姆斯第一次將這種設(shè)備帶到實(shí)驗(yàn)室，實(shí)質(zhì)上它已經(jīng)取代了她之前用于記錄的紙質(zhì)記事本?！?/p>

3、紙張并不能為我提供什么，”詹姆斯聲稱?！凹垙埐⒉荒転槲姨峁┦裁础遍_始在越來越多的實(shí)驗(yàn)室中踐行著，一些研究團(tuán)隊(duì)已經(jīng)扔掉了紙質(zhì)記事本而從谷歌上下載軟件。比如，作為共享文檔的免費(fèi)工具、電子表格和日歷等；另一些人則發(fā)現(xiàn)，專為實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)的軟件已經(jīng)“進(jìn)化”到能夠可靠地完成一系列的任務(wù)，從追蹤試劑的供給到分享實(shí)驗(yàn)報(bào)告。這個(gè)無紙化實(shí)驗(yàn)室的時(shí)代，人們幾十年來一直在追求，看來最終要實(shí)現(xiàn)了。采納者說，一個(gè)實(shí)現(xiàn)無紙化的實(shí)驗(yàn)室為其提供了真正的優(yōu)勢；實(shí)驗(yàn)人員說，數(shù)

4、字記事本能幫助他們追蹤其實(shí)驗(yàn)的更多細(xì)節(jié)，特別在項(xiàng)目文檔適合他們的需要時(shí)，實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人能夠更有效地追蹤和關(guān)注項(xiàng)目的進(jìn)展，或聯(lián)機(jī)訪問或與同事共享。甚至，數(shù)字化記事本可以幫助研究人員從系統(tǒng)存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)其中的關(guān)聯(lián)，或提取結(jié)果。加州帕羅奧圖市Syapse公司創(chuàng)始人喬納森赫希(JonathanHirsch)說，他們開發(fā)的軟件被詹姆斯用來管理和分享其成果，“或更好地了解你的數(shù)據(jù)中究竟是什么讓人們真正興奮?！痹俅巫呦驘o紙化再次走向無紙化去年12月，

5、改名為Labguru重新上市的BioData軟件解決了這個(gè)問題——可以鏈接與研究相關(guān)信息的任何網(wǎng)頁，從實(shí)驗(yàn)方案和結(jié)果到圖像和相關(guān)論文。按格羅斯的說法，這樣既易于跟蹤進(jìn)度，又易于組配論文的各個(gè)部分。一個(gè)附加的系統(tǒng)使得實(shí)驗(yàn)可以共享一個(gè)諸如特定基因或細(xì)胞系的公共組件。外部協(xié)作者可以用密碼來訪問特定的項(xiàng)目，由于數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在云系統(tǒng)中，這種訪問可以在任何地方進(jìn)行。一個(gè)時(shí)代的終結(jié)一個(gè)時(shí)代的終結(jié)在現(xiàn)有的基礎(chǔ)上，格羅斯計(jì)劃在其軟件上增加新的功能：他正在考慮

6、將他的系統(tǒng)與《NatureProtocols》雜志以及一個(gè)遺傳研究工具信息庫Addgene相集成。格羅斯期望Labguru用戶能與外部數(shù)據(jù)庫無縫對(duì)接，“目的是讓研究人員的日子盡可能的好過?！盠abguru是針對(duì)生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的軟件，但也適用于其他領(lǐng)域；而耶魯大學(xué)化學(xué)家安德魯菲利普斯(rewPhillips)則偏好Contur軟件公司的產(chǎn)品iLabber。因?yàn)閕Labber比較擅長處理化學(xué)領(lǐng)域中的一些事務(wù)，比如繪制分子結(jié)構(gòu)和計(jì)算預(yù)期產(chǎn)

7、出等。他說：“這些都是化學(xué)中的常識(shí)?！痹赟yapse公司，其軟件SyapseDiscovery正在經(jīng)受約45家美國實(shí)驗(yàn)室的測試——該產(chǎn)品將iLabber的項(xiàng)目式結(jié)構(gòu)與Labguru能“感知”所加載的數(shù)據(jù)的語義技術(shù)相結(jié)合。例如，Syapse軟件能自動(dòng)識(shí)別數(shù)據(jù)來自于哪個(gè)特定的實(shí)驗(yàn)室設(shè)備，如微陣列或MRI(核磁共振成像)，并對(duì)其標(biāo)以“時(shí)間”和其他適當(dāng)?shù)臉?biāo)題。對(duì)于其他數(shù)據(jù)，SyapseDiscovery有一個(gè)系統(tǒng)，可以讓研究人員迅速從一下拉列表

8、中選定標(biāo)簽。在使用標(biāo)簽的地方，研究人員可以通過軟件運(yùn)行那些通常需要編碼技能的復(fù)雜任務(wù)：用戶可以要求它掃描多個(gè)實(shí)驗(yàn)過程，并生成一張將所有結(jié)果結(jié)合在一種特定基因上的表格；或者在臨床設(shè)置中，研究人員會(huì)問實(shí)驗(yàn)藥物是如何影響具有特定癥狀的患者群的。通過標(biāo)簽，Syapse公司是想讓人具有訪問這類信息的能力，而不必去學(xué)習(xí)如何編程。所有這一切都預(yù)示著，未來的iPad和其他設(shè)備所做的遠(yuǎn)遠(yuǎn)不只是更換記事本。比如，肯特西斯僅列舉他的有關(guān)急性髓細(xì)胞白血病治療的

9、研究。然而，當(dāng)他在BioData看到其重點(diǎn)關(guān)心的工作發(fā)生轉(zhuǎn)折時(shí)，才意識(shí)到一個(gè)關(guān)鍵的證據(jù)——耐藥性發(fā)展程度的其他結(jié)果——正在被忽略。工作可以用紙和筆來做，但BioData完成得更快。肯特西斯說：“（在BioData中）我們會(huì)更容易地看到項(xiàng)目執(zhí)行的軌跡直至去研究更重要的問題?！睌?shù)字記事本還能幫助研究人員去探測與項(xiàng)目有關(guān)的一些相關(guān)問題，若是采用基于紙質(zhì)的記錄那就太花時(shí)間了。通過六個(gè)月的使用，舊金山加州大學(xué)干細(xì)胞生物學(xué)家阿爾沙那賽諾(Archa