illumina測序基礎(chǔ)知識資料

1、第一個要給大家講的，是它這個flowcell。Flowcell翻成中文，就叫“流動池”。我們來看這個圖片。圖片當(dāng)中，我們看到一個象載玻片大小的芯片。這個芯片里面，是做了8條通道。在這個通道的內(nèi)表面，是做了專門的化學(xué)修飾。它的化學(xué)修飾，主要是用2種DNA引物，把它（2種DNA引物）種在玻璃表面。這兩種（DNA引物的）序列是和接下來要測序的DNA文庫的接頭序列相互補(bǔ)的。而且這2種引物是通過共價(jià)鍵，連到Flowcell上去。之所以要用共價(jià)鍵連

2、到Flowcell上去，是因?yàn)榻酉聛碛写罅康囊后w要流過這個Flowcell，只有有共價(jià)鍵連接的這些DNA，才不會被沖掉。這就是Flowcell。文庫制作再接下來，講一下文庫、和文庫的制作（過程）所謂的DNA文庫，實(shí)際上是許多個DNA片段，在兩頭接上了特定的DNA接頭，型成的DNA混合物。文庫有2個特點(diǎn)，第1個特點(diǎn)，是當(dāng)中這一段插入的DNA，它的序列是各種各樣的。第2個特點(diǎn)，它的兩頭的接頭序列，是已知的，而且是人工特地加上去的。要做這個文

3、庫，首先是把基因組DNA，用超聲波打斷。然后打斷之后，兩頭用酶把它補(bǔ)平，再用Klenow酶在3’端加上一個A堿基。然后，再用連接酶把這個接頭給連上去。連好了接頭的DNA混合物，我們就稱為一個“文庫”。英文也稱作“l(fā)ibrary”。橋式PCR做好了Library之后，就要做橋式PCR了。橋式PCR，實(shí)際上是把文庫種到芯片上去，然后進(jìn)行擴(kuò)增，這樣的一個過程。那么，在測序的時(shí)侯，加入進(jìn)去的，最主要是2個東西：一個是帶熒光標(biāo)記的dNTP。而這個

4、dNTP，它還有一個特點(diǎn)，它的3’末端是被一個疊氮基堵住的。然后，再加一個聚合酶，聚合酶就會選擇：哪一個dNTP是和原來位置上的那個堿基是互補(bǔ)的，根據(jù)互補(bǔ)性原理，把這個dNTP合成到新的這個DNA鏈上去。因?yàn)檫@個dNTP的3’端是被一個疊氮基團(tuán)堵住了，所以，它一個循環(huán)只能延長一個堿基。然后，它就停在那兒了。合成完了之后，就用水把多余的dNTP和酶給沖掉。沖掉之后，就放到顯微鏡下，去進(jìn)行激光掃描。根據(jù)發(fā)出來的熒光來判斷它是哪個堿基。因?yàn)?

5、種dNTP，它每一種dNTP上面標(biāo)的熒光素都不一樣，根據(jù)紅、黃、藍(lán)、綠，它出來的哪種顏色，那么，就可以倒過來推出來，這個新合成上去的堿基，是哪種堿基。因?yàn)樾潞铣傻膲A基，是和原來位置（的堿基）是互補(bǔ)的，所以，又推出模板上那個堿基是哪個。這一個循環(huán)完成之后，就加入一些化學(xué)試劑，把疊氮基團(tuán)和旁邊標(biāo)記的熒光基團(tuán)切掉。切完了之后，3’端的羥基就暴露出來。再接下來，加入新的dNTP和新的酶，然后，又延長一個堿基。新延長完一個堿基之后，把多余的酶和d