基于OpenMP的啟動(dòng)子數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、本文對(duì)啟動(dòng)子基因數(shù)據(jù)進(jìn)行分析及處理，設(shè)計(jì)并實(shí)現(xiàn)了一個(gè)基于OpenMP的啟動(dòng)子數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)，針對(duì)大豆的植物啟動(dòng)子序列進(jìn)行分析。
　　首先，截取不同植物啟動(dòng)子基因上游1KB區(qū)域的序列作為實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，與固定的469個(gè)Motif元件進(jìn)行定位工作。標(biāo)識(shí)出這469個(gè)調(diào)控元件在1KB啟動(dòng)子序列中的匹配次數(shù)及匹配位置。在匹配過程中，根據(jù)需求將匹配結(jié)果進(jìn)行相應(yīng)去重，利用現(xiàn)有軟件進(jìn)行頻繁模式挖掘處理。其次，對(duì)頻繁械挖掘的結(jié)果文件進(jìn)行P值計(jì)算，采用素?cái)?shù)拆

2、分算法，提高了P值的計(jì)算精度。將頻繁調(diào)控元件組合文件以0.05/C(469，m)為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行過濾，保留有效的頻繁組合數(shù)據(jù)。最后，對(duì)異類植物啟動(dòng)子序列經(jīng)處理之后的各自頻繁組合文件進(jìn)行共享分析及處理，得到異類植物之間的共享頻繁調(diào)控元件，再進(jìn)行GO功能注釋，從注釋結(jié)果中確定異類植物之間的啟動(dòng)子序列所存在的相互關(guān)系，同時(shí)確定是否存在對(duì)基因起調(diào)控作用的序列，進(jìn)而為后續(xù)基因研究工作提供參考數(shù)據(jù)。
　　在系統(tǒng)的實(shí)現(xiàn)過程中，由于基因數(shù)據(jù)量很大，所以