二代測(cè)序在幾個(gè)神經(jīng)系統(tǒng)罕見孟德爾病的基因診斷中的應(yīng)用.pdf

1、背景:基因診斷是孟德爾病確診的金標(biāo)準(zhǔn)。在神經(jīng)系統(tǒng)孟德爾病中，很多罕見的疾病突變形式復(fù)雜，或者具有明顯的遺傳和臨床異質(zhì)性，傳統(tǒng)的基因檢測(cè)手段（如Sanger測(cè)序等）由于檢測(cè)技術(shù)和檢測(cè)效率的限制，已難于滿足當(dāng)前分子遺傳學(xué)領(lǐng)域高通量測(cè)序的發(fā)展要求。二代測(cè)序平臺(tái)(NGS)的建立標(biāo)志著測(cè)序技術(shù)已進(jìn)入了高通量的新時(shí)代。NGS克服了Sanger測(cè)序在應(yīng)用范圍和應(yīng)用成本上的種種不足，具有更高的性價(jià)比，具有很高的臨床應(yīng)用價(jià)值。
　　目的:應(yīng)用NGS

2、對(duì)前期收集的8個(gè)神經(jīng)系統(tǒng)罕見孟德爾病家系進(jìn)行突變檢測(cè)，從遺傳學(xué)水平尋找致病突變;探討NGS在罕見的神經(jīng)系統(tǒng)孟德爾病基因診斷中的應(yīng)用價(jià)值。
　　方法:本研究對(duì)4個(gè)毛細(xì)血管擴(kuò)張性共濟(jì)失調(diào)(AT)家系、1個(gè)舞蹈病棘紅細(xì)胞增多癥(ChAc)家系和1個(gè)結(jié)節(jié)性硬化癥(TS)家系的先證者應(yīng)用靶向基因測(cè)序技術(shù)(TGS)進(jìn)行測(cè)序，對(duì)發(fā)現(xiàn)的點(diǎn)突變應(yīng)用Sanger測(cè)序進(jìn)行驗(yàn)證，對(duì)發(fā)現(xiàn)的拷貝數(shù)變異(CNV)應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)進(jìn)行驗(yàn)證;對(duì)1

3、個(gè)桿狀體肌病(NM)家系和1個(gè)肢帶型肌營(yíng)養(yǎng)不良(LGMD)家系的先證者應(yīng)用外顯子組測(cè)序(WES)進(jìn)行測(cè)序，對(duì)發(fā)現(xiàn)的點(diǎn)突變應(yīng)用Sanger測(cè)序進(jìn)行驗(yàn)證，并對(duì)上述發(fā)現(xiàn)的所有突變位點(diǎn)進(jìn)行家系共分離分析。
　　結(jié)果:本研究完成了上述家系的基因診斷，共發(fā)現(xiàn)了14個(gè)突變，其中:在AT家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因ATM的4對(duì)復(fù)合雜合突變(c.5697C＞A, exon65del; c.477_481delATCTC, c.4777-2A＞T;c.307

4、8G＞T, c.7983_7985delTGT; c.331+5G＞A, c.1402_1403delAA);在ChAc家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因VPS13A的1個(gè)純合突變(c.9403C＞T);在TS家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因TSC1的1個(gè)新突變(c.3392T＞G);在NM家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因NEB的1對(duì)復(fù)合雜合突變(c.24579G＞A，c.9052G＞A);在LGMD家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因CAPN3的1對(duì)復(fù)合雜合突變(c.2120A＞G，c.