串匹配算法的并行實現(xiàn)策略.pdf

1、隨著超級計算需求的擴大，人們把高性能計算更多的應用于數(shù)據(jù)挖掘應用、圖像處理業(yè)務、基因測序比對處理、過程控制、氣象檢測等大型數(shù)據(jù)處理領域?？茖W計算的規(guī)模迅速膨脹，使得傳統(tǒng)的串行計算機已經(jīng)不能滿足需求，從而提出了并行計算的概念。
　　 并行計算機是指有多個處理器的計算機，只有一個處理器的計算機稱為串行機，在串行機上進行的計算稱為串行計算，在并行計算機或者通過網(wǎng)絡共享方式模擬的并行計算機環(huán)境下進行的運算稱為并行計算。它將進程相對獨立的

2、分配于不同的節(jié)點上，由各自獨立的操作系統(tǒng)調度，享有獨立的CPU和內存資源；進程間通過消息傳遞相互交換信息。
　　 MPI是1994年5月發(fā)布的一種消息傳遞接口，是為消息傳遞程序提供的標準庫。MPI以語言獨立的形式來定義這個接口庫，并提供了與C和Fortran語言的綁定，是目前高效率的超大規(guī)模并行計算最可信賴的平臺。
　　 目前，Internet連接著大量的個人PC機和各種超級計算機，匯集了大量的計算資源。為了利用Inte

3、rnet上廣泛分布的空閑計算資源，目前已經(jīng)有多個分布式計算項目。這些項目已經(jīng)證實了這種計算模型的可行性。不過這些系統(tǒng)的資源高度不穩(wěn)定、用戶不可信任、通信帶寬有限、延遲巨大。
　　 本文在對經(jīng)典的串行算法進行分析和介紹的基礎上，結合并行計算中的相關知識，對串行的串匹配算法進行改進，在硬件的基礎上實現(xiàn)串匹配中的部分并行性，同時也結合了MPI并行程序設計技術，使用MPI中的消息函數(shù)來實現(xiàn)在不同處理器中的并行匹配，給出了并行實現(xiàn)中的核心