let-7e影響內(nèi)皮細(xì)胞功能的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控分析.pdf

1、目的:
　　通過mRNA和lncRNA的基因芯片，分析內(nèi)皮細(xì)胞在microRNA let-7e影響下的mRNA和lncRNA差異表達(dá)情況;運(yùn)用生物信息學(xué)的相關(guān)方法，尋找顯著差異表達(dá)的mRNA和lncRNA，利用mRNA功能聚類分析找出差異lncRNA的共表達(dá)基因?qū)?，預(yù)測共表達(dá)的lncRNA的生物學(xué)功能以及參與的信號通路，構(gòu)建lncRNA-let-7e-mRNA相互作用網(wǎng)絡(luò);為探討let-7e在內(nèi)皮細(xì)胞中的作用奠定基礎(chǔ)。
　　

2、材料和方法:
　　1.培養(yǎng)人臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞，分為6組轉(zhuǎn)染1et-7e mimic、inhibitor和陰性對照，提取總RNA。通過mRNA和lncRNA芯片，檢測和分析轉(zhuǎn)染let-7e的內(nèi)皮細(xì)胞mRNA和lncRNA表達(dá)譜，運(yùn)用倍數(shù)法篩選出let-7e mimic和inhibitor與陰性對照組比較存在的差異表達(dá)lncRNA和mRNA，并使用t檢驗(yàn)的方法控制假陽性率。
　　2.針對差異性表達(dá)的mRNA，應(yīng)用DAVID和WEB

3、-based Gene Set Analysis Toolkit，得到mRNA的功能和生物學(xué)信號通路，進(jìn)行基因功能聚類分析;利用pearson相關(guān)系數(shù)預(yù)測差異表達(dá)的lncRNA的共表達(dá)基因及其功能;根據(jù)相互作用關(guān)系構(gòu)建lncRNA-let-7e-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
　　結(jié)果:
　　1.lncRNA芯片差異分析結(jié)果顯示，inhibitor組和陰性對照比較存在1126個(gè)顯著差異lncRNA分子，有942個(gè)差異的mRNA分子;mi

4、mic組和陰性對照比較存在819個(gè)顯著差異lncRNA分子;有621個(gè)差異的mRNA分子。
　　2.通過共表達(dá)聚類分析和mRNA功能聚類分析，得到mRNA-lncRNA共表達(dá)對，并找到7個(gè)let-7e結(jié)合位點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)let-7e對內(nèi)皮細(xì)胞的調(diào)控通路。
　　結(jié)論:
　　在本研究中，我們發(fā)現(xiàn)let-7e與內(nèi)皮細(xì)胞的很多生物學(xué)過程密切相關(guān)，如免疫炎癥反應(yīng)、增殖、凋亡和脂質(zhì)代謝等。通過進(jìn)一步構(gòu)建lncRNA-let-7e-mRN