基于千里光全長cDNA文庫的表達序列標簽(ESTs)與HsP90-3生物信息學分析.pdf

1、目的：構建千里光葉片組織全長cDNA文庫，并對該文庫進行隨機克隆測序及分析，部分基因進行生物信息學研究，以期了解千里光的功能基因組學信息，并為EST-SSRs(simple sequence repeats，簡單序列重復)引物的開發(fā)及ESTs(expressed sequence tags，表達序列標簽)圖譜構建提供基礎資料。
　　 方法：采用Trizol法提取千里光新鮮葉片組織中的總RNA，通過SMART(SwitchingM

2、echanism At5’end of RNA Transcript)技術構建全長cDNA文庫；分析文庫滴度、庫容、重組率、全長率及冗余率，隨機選擇600個單克隆進行全長cDNA測序；利用NCBI的Blast進行核苷酸序列比對，SUmDNAMAN、Expasy Protparam、PROSITE、ProScale、CPHmodels-3.0、Swiss-model等軟件對目的蛋白進行生物信息學分析。
　　 結果：
　　

3、(1)經檢測原始文庫的庫容為4.3×106cfu，文庫滴度為1.3×106cfu/mL，插入片段大小平均1.5 kb，文庫重組率96.35％，冗余率10.88％，全長率為64.00％，滿足全長cDNA文庫質量要求。
　　 (2)測序得到244條高質量ESTs，含有244條獨立基因(unigenes)。Blast比對后得出133條序列沒有注解，80條序列與GenBank上公布的序列有較高同源性。
　　 測序得到的524條高

4、質量cDNA序列中，含有467條unigenes，其中5條序列與千里光次生代謝產物的合成、運輸與代謝有關。
　　 (3)通過單克隆全長測序得到了千里光Hsp90-3(Heat shock proteins90-3，熱激蛋白90-3)的全長基因，采用生物學軟件對序列進行生物信息學分析和功能預測，結果表明，該基因編碼699個氨基酸的多肽，與擬南芥Hsp90-3(登錄號：NP_200412.1)的同源性最高，為93.71％；預測蛋白質

5、的分子量為79.78 kDa，理論等電點為5.08。信號序列分析結果發(fā)現，該蛋白主要定位于細胞的細胞核、過氧化物酶體、葉綠體類囊體膜及葉綠體基質中。
　　 結論：(1)SMART技術能有效構建高質量全長cDNA文庫，該文庫可用于千里光功能基因組鑒定、新基因篩選及次生代謝產物生物合成的表達調控研究。
　　 (2)通過對得到的千里光的功能基因進行分析及預測，結果表明所獲得的千里光的功能基因多表現與千里光生理特征或合成相關的各