蛋白質(zhì)相互作用界面中熱點(diǎn)殘基預(yù)測(cè)方法的研究.pdf

1、絕大部分的蛋白質(zhì)相互作用結(jié)合自由能僅由少數(shù)關(guān)鍵殘基所貢獻(xiàn),這種殘基被稱為熱點(diǎn)殘基。熱點(diǎn)殘基對(duì)我們理解蛋白質(zhì)功能和研究蛋白質(zhì)相互作用非常重要。目前主要通過(guò)丙氨酸突變掃描技術(shù)來(lái)鑒別熱點(diǎn)殘基,但因?yàn)榇鷥r(jià)高、周期長(zhǎng)等因素而不能大規(guī)模應(yīng)用,因此急需可靠的、高效率的計(jì)算方法來(lái)構(gòu)建熱點(diǎn)殘基預(yù)測(cè)模型。
　　 本文使用基于蛋白質(zhì)特征屬性的方法,結(jié)合支持向量機(jī)(SVM)分類算法,構(gòu)建了一個(gè)混合SVM模型來(lái)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)相互作用界面中的熱點(diǎn)殘基。首先在A

2、SEdb數(shù)據(jù)庫(kù)中提取出實(shí)驗(yàn)所需要的訓(xùn)練樣本集,然后提取了與蛋白質(zhì)相關(guān)的60個(gè)屬性特征,包括理化屬性、結(jié)構(gòu)屬性以及其它相關(guān)屬性,并將這60個(gè)屬性分為5個(gè)類別,對(duì)5個(gè)類別分別進(jìn)行特征選擇,得到5個(gè)特征子集分別構(gòu)建SVM預(yù)測(cè)模型。通過(guò)對(duì)這5個(gè)預(yù)測(cè)模型的評(píng)價(jià),得出了兩個(gè)能有效預(yù)測(cè)出熱點(diǎn)殘基的模型,然后結(jié)合這兩個(gè)預(yù)測(cè)模型構(gòu)建出混合SVM模型,為了進(jìn)一步進(jìn)行驗(yàn)證模型的可靠性,我們還在BID數(shù)據(jù)庫(kù)中提取出獨(dú)立的測(cè)試樣本集來(lái)驗(yàn)證我們的預(yù)測(cè)模型。