基因定位的統(tǒng)計(jì)方法研究.pdf

1、基因定位是生物信息學(xué)和統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)中一個(gè)重要的研究課題.迄今為止，研究人員已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了許多疾病的致病位點(diǎn)，但其中主要都是以單基因疾病為主，換句話說，關(guān)于復(fù)雜疾病的基因定位到目前為止仍然是科學(xué)界的一個(gè)難題.
　　統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)用于基因定位的方法主要有兩大類，即連鎖分析方法和關(guān)聯(lián)分析方法.連鎖分析主要是基于基因數(shù)據(jù)、表型數(shù)據(jù)通過統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法去判斷感興趣的基因位點(diǎn)與已知的標(biāo)記位點(diǎn)間的相對(duì)位置.該相對(duì)位置可以通過重組率這個(gè)參數(shù)來體現(xiàn)，因?yàn)橹亟M率和

2、遺傳距離二者可以相互轉(zhuǎn)化.因此可以說，連鎖分析中所要推斷的重要參數(shù)之一就是重組率.當(dāng)然，這主要是參數(shù)方法;而非參數(shù)方法則用不到具體參數(shù)的推斷.近年，隨著人類基因組計(jì)劃的順利完成，用以基因圖譜構(gòu)建和基因定位的方法都得到了許多新的發(fā)展.
　　關(guān)聯(lián)分析方法在流行病學(xué)里廣泛地應(yīng)用，可以說該方法是尋找引起復(fù)雜疾病的基因位置的有效方法.其中，遺傳標(biāo)記與疾病關(guān)聯(lián)可能是致病基因與遺傳標(biāo)記存在很強(qiáng)的連鎖不平衡，也可能是遺傳標(biāo)記位點(diǎn)本身與疾病的發(fā)生存

3、在關(guān)聯(lián)性.基因間的關(guān)聯(lián)程度通常由連鎖不平衡來刻畫，連鎖不平衡是群體的性質(zhì)，可以用群體的數(shù)據(jù)來推斷連鎖不平衡的程度，現(xiàn)在也把有關(guān)這方面的研究在文獻(xiàn)中稱為關(guān)聯(lián)分析.在關(guān)聯(lián)研究中,通過鄰近位點(diǎn)形成的關(guān)聯(lián)狀態(tài),將能檢測(cè)到疾病的致病位點(diǎn).一旦找到致病基因的精確位置或一定的區(qū)域，將為進(jìn)一步地治療疾病起到致關(guān)重要的作用.
　　本文的主要工作之一就是提出—種新的關(guān)聯(lián)分析的方法(RTTFP)，該方法是對(duì)已有文獻(xiàn)方法的一種改進(jìn)，通過兩步檢驗(yàn)?zāi)軌蚴沟脤?duì)

4、疾病位點(diǎn)的探測(cè)達(dá)到一定的功效，而且新方法要優(yōu)于已有的方法(TTFP和TTFPBFA).同時(shí)，該方法能在一定程度上控制群體分層.
　　其次，還針對(duì)一個(gè)真實(shí)的數(shù)據(jù)集，提出了探測(cè)基因-基因，以及基因-環(huán)境交互作用的方法.其中關(guān)鍵的一步就是如果所考慮的變異中包含罕見變異，則將同一基因內(nèi)罕見變異合并，形成一個(gè)組合的罕見變異(CRV)，并將其看成一個(gè)新的變異進(jìn)行研究.新方法被用于鑒別KDR基因和控制數(shù)量性狀Q1的吸煙狀態(tài)之間的交互作用.