基于二級結構元素的蛋白質結構比對算法.pdf

1、蛋白質結構比對算法對于了解蛋白質進化關系、發(fā)現蛋白質折疊機理等具有重要作用，是生物信息學非常重要的研究方向之一。目前存在很多基于二級結構元素進行研究的比對算法，在比對運算的效費比方面具有優(yōu)勢，但比對性能還有很大的提升空間。
　　 本研究以簡單有效的蛋白質結構疊合算法為基礎，融合多個幾何特征和疏水性特征，設計了結構相似性打分策略，用于二級結構元素的動態(tài)規(guī)劃對齊。針對目前二級結構元素的評分方法無法很好兼顧殘基對齊數目的問題，加入了對

2、相似性評分的校正策略。在殘基對齊步驟中，本研究也基于動態(tài)規(guī)劃算法提出了解決方案，從殘基的最近鄰居配對中直接抽取按升序對齊的子集，以降低得到局部最優(yōu)結果的可能性。基于擴大相似性搜索空間的原則，本研究在二級結構對齊和殘基對齊步驟的結合方式上做出了較大的改變，對于所有可能的初始坐標變換都進行徹底搜索，同時也采取了措施以保證算法運行的效率。在上面提出的幾項改進基礎上，本研究開發(fā)了結構比對軟件SECS。用取自二級數據庫FSSP和其他蛋白質相似性數