蛋白質(zhì)二級結構周期的檢測及α-螺旋內(nèi)疏水力的分析.pdf

1、研究蛋白質(zhì)的結構對生命科學有重要意義，因為明確了蛋白質(zhì)的結構，有助于了解蛋白質(zhì)的作用，了解蛋白質(zhì)如何行使其生物功能，認識蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)(或其它分子)之間的相互作用，這無論是對于生物學還是對于生物醫(yī)學和生物藥學，都是非常重要的。JamesL.Cornette等人于1986年發(fā)表了文章，針對八十多條蛋白質(zhì)系列的樣本用數(shù)字信號處理的方法發(fā)現(xiàn)了α-螺旋的周期為3.6到3.7個氨基酸之間，β-折疊的周期為2.0個氨基酸。我們在研究蛋白質(zhì)二級結構預

2、測問題的過程中使用了以上結論。但是一些審稿人指出，隨著現(xiàn)在試驗得到的蛋白質(zhì)數(shù)量的增加，原先在小范圍內(nèi)得到的結論是否正確還需要檢驗，不可以直接使用。為此，本文的第一部分嚴格地遵照JamesL.Cornette等人于1986年所用的數(shù)學方法(傅立葉變換方法和最大特征值法)用最新的PDB數(shù)據(jù)庫中三種有代表性的蛋白質(zhì)序列集合研究了蛋白質(zhì)的二級結構α-螺旋和β-折疊的周期性，驗證了α-螺旋的周期為3.6-3.7，β-折疊的周期為2.0。并對此結果

3、進行了顯著性檢驗t-檢驗。本文的第二部分的論點是：由于α-螺旋的周期為3.6到3.7之間，我們就分別統(tǒng)計α-螺旋相差兩個殘基和相差三個殘基的兩個氨基酸之間疏水值的作用關系，利用相對熵值作為尺度，發(fā)現(xiàn)α-螺旋內(nèi)疏水力的作用非常顯著。特別其中氨基酸A，E，L，K對組成α-螺旋的貢獻最大，于是，將20個氨基酸賦予新的反映α-螺旋內(nèi)部疏水力的指標，在此指標下，每個氨基酸序列就成了一個數(shù)值序列，將它作八項移動平均所得的新數(shù)列與螺旋結構對應關系很強