凡納濱對(duì)蝦(Litopenaeus vannamei)親蝦性腺轉(zhuǎn)錄組分析及雌雄性腺差異表達(dá)基因鑒定.pdf

1、凡納濱對(duì)蝦是我國(guó)乃至世界海水養(yǎng)殖的主導(dǎo)品種，但目前凡納濱對(duì)蝦的基礎(chǔ)研究薄弱，特別是繁殖分子機(jī)理的研究尚缺。本研究對(duì)不同發(fā)育時(shí)期的凡納濱對(duì)蝦雌雄性腺組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和分析，鑒定性別差異表達(dá)的功能基因。通過(guò)雄性親蝦精巢(Testis)、剪眼柄前雌性親蝦卵巢(Ovary)及剪眼柄后1天（1Day afer Eyestalk Ablation Ovary，1DaEAO）、6天(6Days afer Eyestalk Ablation Ovar

2、y，6DaEAO)的雌性親蝦卵巢等4個(gè)樣品的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，共獲得原始序列249，107，536條，經(jīng)質(zhì)量控制、過(guò)濾和de novo組裝后，獲得凡納濱對(duì)蝦性腺表達(dá)Unigenes65，218個(gè)，平均長(zhǎng)度1，021bp，N50達(dá)到2，000bp。注釋到NR，NT，Swiss-Prot，KEGG，COG，GO庫(kù)的Unigenes數(shù)量和比例分別是26，482個(gè)(87.39％)，14，626個(gè)(48.26％)，23，062個(gè)(76.10％)，20，

3、659個(gè)(68.17％)，11，935個(gè)(39.38％)，12，320個(gè)(40.65％)。對(duì)GO數(shù)據(jù)庫(kù)注釋的12，320個(gè)Unigenes進(jìn)行了GO分類，其中分屬于分子功能、細(xì)胞組分和生物過(guò)程的Unigenes數(shù)分別為9，884個(gè)、19，939個(gè)和34，317個(gè)。注釋到KEGG庫(kù)的20，659個(gè)Unigenes映射到258個(gè)代謝通路上，定位基因最多的三個(gè)通路分別為代謝、RNA轉(zhuǎn)運(yùn)和微絲骨架的調(diào)控。對(duì)卵巢(Ovary)和精巢(Testis

4、)中的基因表達(dá)情況進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)22，808個(gè)Unigenes呈現(xiàn)了性別特異性或差異性表達(dá)。其中3，529個(gè)在卵巢中上調(diào)表達(dá)，另外19，279個(gè)在精巢中上調(diào)表達(dá)。經(jīng)過(guò)富集分析，得到414個(gè)精巢上調(diào)表達(dá)DEGs(differentially expressed genes)富集的GO terms和646個(gè)卵巢上調(diào)表達(dá)DEGs富集的GO terms，以及34個(gè)性別差異基因富集的代謝途徑。通過(guò)實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證，我們鑒定獲得9個(gè)卵巢特異表達(dá)，