基于高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)牛背最長(zhǎng)肌肌內(nèi)脂肪沉積能力的研究.pdf

1、近年來(lái)，隨著我國(guó)社會(huì)經(jīng)濟(jì)文化的發(fā)展和人們生活水平的提高，健康及高品質(zhì)的食品受到人們?cè)絹?lái)越多的關(guān)注。其中高檔育肥牛肉就是一種備受青睞的高品質(zhì)健康食品，人們對(duì)高檔育肥牛肉的消費(fèi)需求也在不斷地增長(zhǎng)。高檔育肥牛肉指的是通過(guò)高能集中育肥飼養(yǎng)的肉牛分割肉，這種牛肉具有嫩度好、多汁性高、韌性低、彈性高、幾乎沒(méi)有咀嚼殘?jiān)戎T多優(yōu)良特性。因此高檔育肥牛肉具有非常高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。在實(shí)際生產(chǎn)過(guò)程中，高能集中育肥需要消耗大量的資源和能源，但是經(jīng)過(guò)相同高能集中育肥

2、的肉牛屠宰后得到的牛肉品質(zhì)等級(jí)不一，品質(zhì)越高的產(chǎn)量越少，頂級(jí)的產(chǎn)品只占極小的比例，造成了大量的人力物力的浪費(fèi)，降低了企業(yè)競(jìng)爭(zhēng)力。這就需要我們找到相應(yīng)的應(yīng)對(duì)措施來(lái)解決這些問(wèn)題。
　　目前我國(guó)所采用的高檔育肥牛的分級(jí)標(biāo)準(zhǔn)主要是以肌內(nèi)脂肪含量和分布也就是我們俗稱(chēng)的大理石花紋為基礎(chǔ)來(lái)制定的。因此，如何提高肉牛的肌內(nèi)脂肪含量和使其肌內(nèi)脂肪分布均勻有序就成為了解決這一系列問(wèn)題的核心關(guān)鍵。
　　肌內(nèi)脂肪含量的主要影響因素可大致分為兩個(gè)方面

3、。其一是飼養(yǎng)的營(yíng)養(yǎng)條件和飼養(yǎng)環(huán)境等；其二是先天遺傳因素。此前已有遺傳育種方面和動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)方面的專(zhuān)家學(xué)者對(duì)此作了許多研究。專(zhuān)家學(xué)者在對(duì)與肌內(nèi)脂肪沉積相關(guān)的基因研究時(shí)大多采用逆向研究方法，即先通過(guò)分析已發(fā)表的基因，選出可能與其相關(guān)的候選基因，確定一個(gè)或幾個(gè)基因再對(duì)其與肌內(nèi)脂肪的關(guān)系進(jìn)行深入研究，這樣無(wú)疑會(huì)遺漏一些寶貴的生物信息。
　　因此本研究通過(guò)基于高通量測(cè)序技術(shù)的生物信息學(xué)分析方法，以同期高能集中育肥的24月齡同品種雜交肉牛作為研究

4、對(duì)象。對(duì)屠宰后得到的產(chǎn)品進(jìn)行胴體分級(jí)，并通過(guò)檢測(cè)其背最長(zhǎng)肌肌內(nèi)脂肪含量等生理指標(biāo)將其分為高脂組和低脂組，分別對(duì)對(duì)樣品進(jìn)行組內(nèi)混池，之后對(duì)兩組混池樣品分別進(jìn)行全基因組重測(cè)序，得到了56Gb的高質(zhì)量可靠數(shù)據(jù)，并與其肌內(nèi)脂肪含量進(jìn)行關(guān)聯(lián)對(duì)比分析，在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)了SNP， Indel，和 SV，并在全基因組范圍內(nèi)進(jìn)行與肌內(nèi)脂肪含量沉積相關(guān)基因的篩選。經(jīng)過(guò)對(duì)得到的序列片段的比對(duì)和與肌內(nèi)脂肪含量的關(guān)聯(lián)分析，最終得到25個(gè)基因。對(duì)這25個(gè)基因分

5、別進(jìn)行了COG注釋?zhuān)珿O注釋?zhuān)琒wisport注釋?zhuān)琋R注釋和KEGG注釋?zhuān)渲邪凑盏诙δ芊诸?lèi)體系GO分類(lèi)系進(jìn)行統(tǒng)注釋所得到的信息最為完整，成功對(duì)這25個(gè)基因進(jìn)行了注釋。
　　其中ADRA1A、AOX1及 FAM5C與肌內(nèi)脂肪沉積顯著相關(guān)，CLEC4F、CTSG、FUT10、GPA33、GSTA3、GSTA5及 GZMH與能量代謝顯著相關(guān)，LOC100301297、LOC508626、 LOC511626、 LOC788554