全基因組選擇在櫛孔扇貝(Chlamys farreri)育種中的應(yīng)用.pdf

1、櫛孔扇貝（Chlamys farreri）是我國重要的海洋水產(chǎn)貝類，具有較高的營養(yǎng)價值和經(jīng)濟價值。本研究構(gòu)建了櫛孔扇貝連續(xù)三代選擇群體，借助二代測序平臺，采用2b-RAD技術(shù)獲得了大量SNP位點，對三個世代進行了系統(tǒng)的群體遺傳學(xué)研究。同時采用全基因組選擇和全基因組關(guān)聯(lián)分析技術(shù)針對櫛孔扇貝進行全基因組育種值估計，QTL精細定位等。本研究將為水產(chǎn)養(yǎng)殖尤其是貝類育種方面提供寶貴的經(jīng)驗。
　　1.櫛孔扇貝連續(xù)選擇群體的構(gòu)建
　　本章

2、節(jié)著重介紹了構(gòu)建櫛孔扇貝三個世代連續(xù)選擇群體。在一個容量為2000只扇貝的群體中采用截頭法以殼高為目的性狀上選前5％進行選擇，兩年性成熟后繼續(xù)以殼高為候選性狀采用截頭法進行選擇，待第三世代長成一年后，測量其體尺性狀，挑取鰓絲以備DNA提取。在選擇的過程中，子代在24月齡的體尺性狀遺傳增量不明顯。
　　2.櫛孔扇貝三個連續(xù)選擇世代群體遺傳學(xué)分析
　　采用2b-RAD技術(shù)構(gòu)建了櫛孔扇貝三個世代群體共計539個扇貝的測序文庫，測序

3、數(shù)據(jù)通過分型可拿到18450個SNP標(biāo)記。對三個世代進行群體遺傳學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，隨著世代的遞進，群體偏離哈迪-溫伯格平衡的標(biāo)記比例為10.34％、12.64％、23.11％，香農(nóng)多樣性指數(shù)為0.0999±0.0404、0.0921±0.0388、0.0733±0.0308，近交系數(shù)為0.0256、0.0323、0.0468。通過構(gòu)建分子親緣關(guān)系矩陣發(fā)現(xiàn)無明顯塊狀聚集，F(xiàn)st檢驗無明顯群體分化，全基因組范圍內(nèi)的連鎖不平衡檢測發(fā)現(xiàn)隨著世代的選擇

4、，LD出現(xiàn)了衰減現(xiàn)象。這說明連續(xù)選擇對櫛孔扇貝“蓬萊紅”品種養(yǎng)殖群體的群體遺傳結(jié)構(gòu)產(chǎn)生了影響，但是群體遺傳多樣性仍維持在較高水平，可以繼續(xù)進行群體選育。
　　3.全基因組選擇與全基因組關(guān)聯(lián)分析在櫛孔扇貝中的應(yīng)用
　　采用GBLUP，Bayes lasso，Bayes A，Bayes B四種全基因組選擇的方法對539只扇貝分別進行了個體全基因組育種值估計及各標(biāo)記效應(yīng)的估計。結(jié)果表明四種方法估計的標(biāo)記效應(yīng)分布大致相同，可統(tǒng)一的估