鏡鯉酸性磷酸酶和堿性磷酸酶的QTL分析.pdf

1、本研究以鏡鯉(Cyprinus carpio L.)全同胞家系為材料,利用微衛(wèi)星(SSR)標記進行基因組掃描,構(gòu)建鯉魚遺傳連鎖圖譜,并采用半同胞家系的分析策略對腸組織的酸性磷酸酶(ACP)活性和腸肝兩組織的堿性磷酸酶(ALP)活性進行了QTL定位分析。研究結(jié)果如下:
　　1.遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
　　通過JoinMap4.0軟件對分子標記進行連鎖分析,偏分離標記315個,偏分離比例占28％,其中992個 SSR標記發(fā)生連鎖,共

2、組成51個連鎖群,覆蓋基因組總長度為5183.9cM,標記間平均距離為5.22 cM,譜的覆蓋率為88.8%。構(gòu)建連鎖群中最大的為第51連鎖群,由9個標記組成,圖距為148.8 cM;最小連鎖群為第9連鎖群,由9個標記組成,圖距為42.2 cM;其中第1連鎖群具有最高分辨率,由40個標記覆蓋72.4cM,標記間平均距離為1.85cM。
　　2.鯉魚腸組織和肝臟組織中堿性磷酸酶活性及腸組織酸性磷酸酶活性 QTL定位研究
　　腸

3、組織堿性磷酸酶分析,檢測到2個與堿性磷酸酶活性相關的QTL區(qū)間均為95%染色體水平顯著性,其中一個 QTL位于LG8(HLJ2634-HLJ3465),95%置信區(qū)間為0-2cM,可解釋表形變異率為7.3%;另一個QTL位于LG13(CA2278-CA246),95%置信區(qū)間為23-28cM,可解釋表形變異率為7%。
　　肝臟組織中堿性磷酸酶分析,檢測到2個與堿性磷酸酶活性相關的QTL區(qū)間均為95%染色體水平顯著性,其中一個 QT

4、L位于LG8(HLJ1244-2-HLJ1897),95%置信區(qū)間為72-76cM,可解釋表形變異率為20.1%;另一個 QTL位于LG41(CA642-HLJ495),95%置信區(qū)間為52-54cM,可解釋表形變異率為8.3%。
　　腸組織酸性磷酸酶分析,檢測到5個與酸性磷酸酶活性相關的QTL區(qū)間。與酸性磷酸酶活性相關的5個 QTL中,1個 QTL為99%基因組水平顯著性,位于LG28(CA2263-HLJ2873),99%置信

5、區(qū)間為18-43cM,可解釋表型變異率為39.9%;4個 QTL為95%染色體水平顯著性,分別位于LG2(CA2049-CA2371),LG14(HLJ3275-CA174)和(CA1276-CA2208)、LG25(HLJ2941-HLJ3946),95%置信區(qū)間分別為0-10cM、84-86cM、96-103cM和71-84Cm,可解釋表型變異分別為10.0%、8.3%、8.1%和9.9%。
　　3.肝臟組織堿性磷酸酶活性連鎖

6、的微衛(wèi)星標記的BLAST比對結(jié)果
　　通過 BLAST將與肝臟 ALP活性相關的QTL兩端的SSR標記與斑馬魚全基因組序列數(shù)據(jù)庫進行序列比對,取期望值≤1e-10的基因注釋,結(jié)果顯示:第8連鎖群定位的QTL區(qū)間兩端的微衛(wèi)星標記 HLJ1897和HLJ1244分別與斑馬魚13號染色體的NW001877335.3和NW001877356.3同源;同樣比對第41號連鎖群定位的QTL區(qū)間兩端微衛(wèi)星標記 HLJ3948和HLJ495分別與斑

7、馬魚13號染色體 NW001877341.3和NW003040144.2同源。LG8和LG41連鎖群上發(fā)現(xiàn)的QTL區(qū)間兩端微衛(wèi)星分子標記與斑馬魚全基因組比對結(jié)果顯示,兩個區(qū)間在比對斑馬魚染色體上有一個共同區(qū)間,在這一共同區(qū)間內(nèi),發(fā)現(xiàn)蛋白磷酸酶(protein phosphatase，Mg2+/Mn2+ dependent,1Aa)與 ALP活性相關,并在 LG8對應的斑馬魚13號染色體區(qū)間找到無機磷酸酶基因(Inorganic pyro