歷史與背景

1、2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,1,網(wǎng)絡醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫PubMed,www.pubmed.org,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,2,PubMed ——NCBI網(wǎng)站簡介www.ncbi.nlm.nih.gov,1988年，美國的參議員 Claude Pepper 發(fā)起， 1988年11月4日通過立法建立國立生物技術信息中心（NCBI）NCBI的任務: 建立基于計

2、算機信息處理的分子生物學、生物化學、遺傳學知識的自動存儲和分析系統(tǒng)，并進行先進方法的研究。 促進生物技術研究者和醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟件的使用。 促進全世界范圍內(nèi)生物技術信息收集的合作,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,3,,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,4,NCBI生物信息整合系統(tǒng)All database,檢索大分子生物學數(shù)據(jù)獲取GenBan

3、k, EMBL等數(shù)據(jù)庫的核酸序列；獲取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白質(zhì)序列；從核酸序列翻譯到蛋白質(zhì)的序列；獲取基因和染色體圖譜；蛋白質(zhì)三維結構數(shù)據(jù)及大分子模式（MMDB）等其他生物信息數(shù)據(jù)庫檢索。PubMed書目文獻數(shù)據(jù)。,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,5,PubMed,數(shù)據(jù)類型：期刊論文、綜述、以及與其他數(shù)據(jù)資源鏈接。特點：1.免費提供題錄和文摘2.提供與原文的網(wǎng)址鏈接(部分免費獲

4、?。?3.提供檢索詞自動轉換匹配4.操作簡便、快捷,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,6,數(shù)據(jù)收錄,MEDLINE4800余種生物醫(yī)學期刊，內(nèi)容涉及醫(yī)學、護理、牙科、獸醫(yī)、健康保健系統(tǒng)、前臨床醫(yī)學等學科。這些期刊來源于美國和世界上70多個國家和地區(qū)。文獻量達1千2百多萬條記錄，并回溯到1966年。記錄中[indexed for MEDLINE]標記[注] 截止2006年3月15日PubMed公布的數(shù)

5、據(jù),2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,7,In process citation提供MEDLINE尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。獲MeSH詞后，再加入MEDLINE。記錄中[in process]標記。,數(shù)據(jù)收錄,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,8,Publisher Supplied Citations出版商直接向PubMed提供電子記錄包括MEDLINE未收錄的部分記錄[PubMed-as su

6、pplied by publisher]標記,數(shù)據(jù)收錄,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,9,OldMedline1950-1965年間發(fā)表的200多萬篇文獻沒有MeSH字段和摘要[PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966]標記PubMed not MedlinePubMed 收錄Medline不收錄的文獻。[PubMed]標記,數(shù)據(jù)收錄,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,1

7、0,PubMed 與MEDLINE的區(qū)別,收錄范圍廣：MEDLINE收錄的部分生命科學相關文章的非醫(yī)學專業(yè)期刊（物理、天文、化學等）收錄記錄新：在MEDLINE數(shù)據(jù)標引前的最新題錄文獻類型全：提供電子原文鏈接（部分免費）,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,11,基本檢索輸入框,,特征欄提供輔助檢索功能,,側欄提供其他檢索如期刊數(shù)據(jù)庫檢索、規(guī)范詞數(shù)據(jù)庫檢索、特定文獻檢索,,,執(zhí)行檢索,PubMed主頁,2

8、024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,12,在檢索欄中輸入:一個或多個檢索詞(系統(tǒng)默認空格為AND檢索）如：placenta growth oxygen genbacev o著者姓名,姓在前,名首字母在后。如: smith ab刊名輸全稱或MEDLINE認可的標準縮寫形式如：clin exp immunol布爾邏輯運算式： (運算符須大寫）如 ：Stem [ti] AND neuroscience,二.P

9、ubMed 基本檢索規(guī)則,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,13,,,多個檢索詞輸入Moore AM撰寫的有關接觸性皮炎的文章,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,14,,刊名的輸入（字段限定來源出SO）,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,15,,著者檢索moore am[au],2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,16,,,檢索提問輸入,僅檢索有文摘的文獻,2024/3

10、/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,17,截詞檢索：treat*強迫短語檢索：“brca 1”（不再自動轉換匹配和擴展檢索）,二.PubMed 基本檢索規(guī)則,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,18,自動轉換檢索詞（automatic term mapping）自動對照規(guī)范詞表,期刊名表，短語，著者名索引, 依次尋找轉換短語尋找轉換 單詞轉換單詞在上述四個字段尋找轉換 在所有字段中轉換,,,二.

11、PubMed 基本檢索規(guī)則,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,19,如：輸入stem[ti] AND neuroscienceDetails顯示：stem[ti] AND (("neurosciences"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "neurosciences"[MeSH Terms] OR neuroscience[Text Word]),202

12、4/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,20,自動擴展檢索系統(tǒng)自動對主題詞、副主題詞進行擴展檢索，如：輸入“hypertension therapy,系統(tǒng)自動將高血壓的藥物治療、飲食療法，,二.PubMed 基本檢索規(guī)則,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,21,三.PubMed的輔助檢索,Limits（檢索限制選擇）字段限制：著者、刊名、篇名、濾過（filter原文收藏處）等數(shù)據(jù)輸入時間：默認檢索可回溯到19

13、50年，限制選擇30天-10年7種文獻類型限制7種語種限制12種子文檔：(01年新增2種Space Life Sciences and Bioethics ）,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,22,PubMed記錄字段說明,文摘第一著者單位地址出版商提供文獻識別號著者群版權說明參考評論文獻合著者文獻參考評論定稿版校樣版輸入日期輸入完成日期電子出版日期,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻

14、檢索教研室,23,,電子出版日期文獻出版日期數(shù)據(jù)加入PubMed日期文獻勘誤參考文獻勘誤全部著者姓名全部調(diào)研者姓名作為文章主題的著者全稱文獻相關注釋基金編號基因符號期編號資助調(diào)研者資助調(diào)研單位國際標準期刊號美國立醫(yī)學圖書館識別號期刊全稱,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,24,,,最后修訂日期規(guī)范詞表詞規(guī)范詞確立日期系統(tǒng)組織的文摘版權擁有者題錄提供機構的識別號病史相關與原始記錄

15、其他關鍵詞提供其他關鍵詞的機構數(shù)據(jù)提供者機構文章總頁數(shù)出版商提供數(shù)據(jù)時間期刊出版國數(shù)據(jù)庫文獻編號,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,25,作為主題詞的個人姓名出版狀態(tài)文獻類型出版模式（紙張或電子） 參考文獻數(shù)已撤回的文獻酶或化學物質(zhì)代碼正在撤消中的文章初版文獻修訂和再版的文章子專題文檔太空署提供的數(shù)據(jù)二次文獻數(shù)據(jù)庫以及文章討論的分子序列訪問號原文來源引用了病例的文獻內(nèi)部處理代

16、碼標準期刊縮寫文獻標題翻譯標題更新文獻文獻正在更新期刊卷號,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,26,作者限定,添加作者姓名輸入框,清除限定,,,,期刊限定,,作者姓名索引選詞,多作者邏輯匹配選項,全文、免費全文、摘要限定,日期限定,,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,27,出版日期限定,入庫日期限定,研究對象人/動物限定,研究對象性別限定,語種限定,,,子文檔限定,文獻類型限定,,研究

17、對象年齡限定,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,28,檢索字段限定,,執(zhí)行檢索,清除所有限定,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,29,Previw/index（檢索策略預覽）,瀏覽檢索式改變檢索式（可用檢索式編號#1 OR #2）瀏覽索引（index）,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,30,,檢索預覽,檢索歷史,索引加詞檢索,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,

18、31,Index（索引字順表）,選擇限制字段輸入檢索詞（詞根）在字順表中選擇檢索詞選用邏輯算符建立檢索式點擊GO,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,32,步驟3 索引選詞,步驟4 確定與檢索欄中檢索提問的邏輯關系,步驟2 輸入待選詞,,步驟1 點擊預覽和索引,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,33,,檢索式回顧編輯檢索式如#3 AND child,History（檢索史）,2024/3/16

19、,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,34,,檢索歷史回顧,檢索式,檢索時間,檢出篇數(shù),檢索式編號可替代檢索式進行輸入檢索如：#5 AND #6,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,35,Details （匹配過程）,顯示檢索詞轉換匹配運算詳細過程用途：轉換、確定規(guī)范詞如：liver cancer liver neoplasms修改檢索策略,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,36,

20、檢索明細,數(shù)據(jù)庫匹配過程,檢索詞轉換,顯示用戶輸入的檢索式,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,37,數(shù)據(jù)庫匹配過程,詞轉換,你輸入的檢索式,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,38,修改檢索策略,檢索框中隨時修改“Limit” 、 “Preview/index”、 “History”、 “Details”功能實現(xiàn)。,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,39,四.其他檢索,1.Mesh Da

21、tabase功能：確定規(guī)范檢索詞查看詞義注釋、樹狀結構表副主題詞、擴展、主要主題詞 例：欲查腎衰竭的飲食療法相關文獻？,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,40,,基本檢索腎衰竭的飲食療法,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,41,結果中有些主要內(nèi)容并非腎衰竭,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,42,,MeSH Database 規(guī)范主題詞數(shù)據(jù)庫檢索腎衰竭飲食療法課題,1.輸入檢索

22、詞,3.點按規(guī)范詞可獲詳細注解,,2.執(zhí)行瀏覽,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,43,主題詞注釋,可選副主題詞,限定作為主要主題詞匹配,不進行下位詞擴檢,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,44,該主題詞所替代的非規(guī)范詞形式,主題詞樹形結構表：顯示該詞的學科隸屬關系,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,45,通過MeSH Database檢索的結果，其中41篇綜述文獻,檢出結果更為專指,

23、2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,46,2.引文匹配器（Citation Matcher）:,輸入題錄信息，查找特定文獻進行補缺?？獪蚀_，縮寫要標準著者姓名大小寫不敏感如查找：Taiwan I Hsueh Hui Chih由Chang PY（taiwan yi xue hui za zhi ) 撰寫、 1975 發(fā)表文獻的其他著者,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,47,輸入待檢刊名,輸入待檢

24、第一著者,,特定文獻查找（已知文獻第一著者，欲查其他信息如其他著者等,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,48,得出其他著者,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,49,3.期刊數(shù)據(jù)庫（Journal database）:,通過輸入刊名、縮寫名、等瀏覽期刊文獻。提供電子原文的超鏈鍵。,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,50,期刊數(shù)據(jù)庫檢索,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室

25、,51,輸入待檢期刊名,得出期刊詳細信息,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,52,4.臨床問題（Clinical Queries),專門檢索臨床研究方法學（循證醫(yī)學）文獻，主要涉及治療、診斷、病因、和預后四個分類，并提供強調(diào)選擇，即敏感度（強調(diào)查全）或專指度（強調(diào)查準）。,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,53,5.臨床警示（Clinical Alert）,1991年開始，NIH美國衛(wèi)生健康研究所不定期公

26、布能引起死亡率和致病率升高的臨床試驗項目重要新聞稿。,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,54,五.檢索結果輸出,顯示檢索結果保存檢索結果保存檢索策略打印檢索結果,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,55,顯示字段選擇（Display),Abstract report:來源期刊、標題、著者、著者地址、記錄性質(zhì)、文獻類型、勘誤、評論、PMID或UI、摘要。Citation Report: 顯示除上述內(nèi)

27、容外，加MeSH敘詞、化學物質(zhì)名稱、資助項目號等字段。MEDLINE Report: (最完整，有標識符）,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,56,,顯示格式選擇,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,57,顯示記錄選擇,單一記錄：著者姓名所有記錄：選display旁的格式，及每頁顯示記錄數(shù)選定記錄: 方框內(nèi)打鉤,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,58,可獲電子全文的鏈接,2024/

28、3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,59,輸出格式選擇（send to）,選中題錄（或文摘）后Text當前網(wǎng)頁文本格式，用瀏覽器文件保存File所有記錄純文本格式保存，用對話框保存Clipboad 剪貼板，暫存需下載記錄，多項檢索后一起保存。 最多允許存儲500條，保留8小時。 Email: 通過郵件發(fā)送RSS Feed：檢索結果的RSS訂閱，通過安裝網(wǎng)絡聚合器可接收最新檢索結果，不必再次檢索。Other：全文傳遞服

29、務等申請，需帳號、收費,new,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,60,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,61,保存檢索策略,Details 中的URL ，可以讓檢索匹配的詳細策略放入檢索框，該檢索頁面可以存儲入瀏覽器收藏夾。My NCBI（Cubby）灰色欄中的功能按鈕，存儲在數(shù)據(jù)庫的個人文檔中。,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,62,打印檢索結果,1 瀏覽器打?。ó斍帮@示的網(wǎng)頁

30、）2 show功能鍵，增加網(wǎng)頁顯示的記錄數(shù)3 保存后一起打?。╳ord),2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,63,六.獲取原文及相關資源,1.聯(lián)機獲取原文（ linkout,文摘中超鏈圖標,PMC ）2.向NLM索取原文（order)（由圖書館出面向成員館訂購）3.相關文獻查找（related article)4.其他數(shù)據(jù)庫資源（生物信息學等）,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,64,文摘中

31、的期刊圖標鏈接,,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,65,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,66,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,67,Linkout鏈接,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,68,,,點擊獲取原文,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,69,獲取的OVID全文,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,70,PMC (PubMed

32、Central),生命科學期刊資源中心免費提供130多種期刊的10多萬篇全文（不包括PubMed動態(tài)免費全文）,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,71,,,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,72,習題——上機,1 查找腎功能衰竭的飲食療法的文獻，寫出作者Rao M所寫文獻所涉及的化學物質(zhì)2 已知：第一作者是Challis DE,出處是Pediatric Research,2000,47

33、(3):309~15。要求寫出其他合著者,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,73,編制檢索式,主題詞型哮喘的藥物治療（asthma, drug therapy） asthma/drug therapy手損傷的治療（hand injuries, surgery, therapy） hand injuries/surgery OR hand injuries/therapy阿司匹林治療心肌梗死（aspirin,

34、 therapeutic use, myocardial infarction, drug therapy）aspirin/therapeutic use ANDmyocardial infarction/drug therapy,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,74,混合型檢索舌根腫瘤的病理學(tongue neoplasms, pathology, tongue base, base of the t

35、ongue)tongue neoplasms/pathology AND (“tongue base” OR “base of the tongue”),編制檢索式,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,75,編制檢索式,字段限制查找聞玉梅教授的文獻Wen ym[au]查找 Jhon Adorn Williams 撰寫的文章Williams JA[AU]查找英語綜述文獻english[la] AN

36、D review[pt],2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,76,習題 — 編寫檢索式,腎周炎(perinephritis)的病因學(etiology)阿司匹林誘發(fā)哮喘 (aspirin, asthma, adverse effect, chemically induced)聞玉梅（wen ym)教授發(fā)表的綜述(review)文獻。序列分析（sequence analysis)的 工具和方法(instrumenta

37、tion, methods)核磁共振（magnetic resonance imaging)診斷腦腫瘤(brain neoplasms)英文文獻,2024/3/16,復旦大學圖書館文獻檢索教研室,77,思考題,PubMed由什么機構編制？PubMed收錄的文獻類型是否包含會議、專利和引文？PubMed主題詞檢索通過什么途徑查？PubMed中，如何顯示文本型的檢索結果？PubMed中，如何顯示所有記錄在同一網(wǎng)頁中？PubMed