野豬和家豬脂肪和肌肉組織的比較轉(zhuǎn)錄組研究.pdf

1、肌肉組織是豬重要的經(jīng)濟(jì)性狀的研究對象，也是分子育種的重要研究熱點(diǎn)。脂肪在動物體全身廣泛存在，是儲存能量和進(jìn)行脂肪代謝的主要場所，同時也是人體最大的免疫器官;肌肉組織是身體重要的器官，在身體代謝及免疫方面起著重要的作用，同時，骨骼肌的收縮和舒張是身體運(yùn)動的主要原因，在當(dāng)代豬育種方面也是重要的考慮因素之一。豬作為最早被人類馴化的動物之一，馴化前后在形態(tài)學(xué)、行為學(xué)、代謝學(xué)等方面都表現(xiàn)出極大的不同，以豬為動物模型研究人的進(jìn)化及生理病理狀態(tài)也是很

2、好的途徑。家豬的脂肪組織和肌肉組織已被多方面研究，而對于野豬的研究較少，本研究利用RNA-seq（轉(zhuǎn)錄組測序）技術(shù)分別對3頭榮昌豬和3頭亞洲野豬（均為雌性）的皮下脂肪組織和背最長肌進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，并結(jié)合生物信息學(xué)的基礎(chǔ)對所測數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘，對各個測序文庫中的mRNA轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行了篩分鑒定和深度分析，研究結(jié)果如下:
　　(1)通過建庫測序，榮昌豬和亞洲野豬的脂肪組織和肌肉組織總的12個RNA測序文庫一共獲得約574M(million)原

3、始讀段(raw reads)，其中平均每個文庫獲得47.8±4.57M的raw reads原始數(shù)據(jù)，分析發(fā)現(xiàn)約有94.37％的raw reads達(dá)到質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)并被保留下來作為高質(zhì)量讀段(clean reads)，并且絕大部分(75.25％-80.38％)的clean reads可以比對到豬參考基因組(UCSC，Sscrofa10.2)。
　　(2)與此同時，在12個文庫中共鑒定了19，021個可靠的mRNA轉(zhuǎn)錄本，在榮昌豬和野豬的脂

4、肪組織中發(fā)現(xiàn)共表達(dá)mRNA有17，084，榮昌豬和野豬的肌肉組織有16，187個，榮昌豬的脂肪組織和肌肉組織16，396個、野豬的脂肪組織和肌肉組織有16，486個，而具有組織特異性的mRNA在541到1，476之間。
　　(3)進(jìn)一步分析，發(fā)現(xiàn)榮昌豬和亞洲野豬在脂肪組織中共有1，235個差異表達(dá)的mRNA，在肌肉組織中則有361個差異表達(dá)的mRNA，其中分別有552和137個在榮昌豬中高表達(dá)，而有683和224個在亞洲野豬中高表

5、達(dá)。在1,235個轉(zhuǎn)錄本中有1，016個是已知的轉(zhuǎn)錄本，219個新鑒定的轉(zhuǎn)錄本;在361個轉(zhuǎn)錄本中有257已知的轉(zhuǎn)錄本，84個新的轉(zhuǎn)錄本。
　　(4)最后，對差異mRNA進(jìn)行功能富集分析，發(fā)現(xiàn)榮昌豬的脂肪組織和亞洲野豬的脂肪組織之間差異表達(dá)mRNA主要富集與免疫相關(guān)代謝、哮喘、肌原纖維形成、糖分解代謝等生物學(xué)過程。同時，榮昌豬的肌肉組織和亞洲野豬的肌肉組織之間的差異mRNA主要富集于甘氨酸、絲氨酸和蘇氨酸代謝、糖代謝、細(xì)胞骨架形成