APE1單核苷酸多態(tài)性與卵巢上皮癌易感性的相關性研究.pdf

1、研究背景:
　　卵巢上皮癌是女性生殖系統(tǒng)常見的惡性腫瘤之一,由于在早期多無特異性癥狀且缺乏有效的診斷方法,超過70％的患者在確診時已屬中晚期,導致卵巢上皮癌患者死亡率極高[1,2]。雖然卵巢上皮癌的發(fā)病機理還不完全清楚,但是研究已經表明卵巢上皮癌患者存在腫瘤抑制基因p53,人第10號染色體缺失的磷酸酶及張力蛋白同源的基因(Phos-phatase and tensin homolog deleted on chromosome t

2、en,PTEN),乳腺癌易感基因1/乳腺癌易感基因2(Breast cancer susceptibility gene1/Breast cancer susceptibility gene 2,BRCA1/BRCA2),原癌基因人類表皮生長因子受體2(Human epidermal growth factor receptor 2,HER2),鼠Kirsten肉瘤病毒致癌基因(Kirsten Rat Sarcoma Viral Onc

3、ogene,KRAS)、磷脂酰肌醇3-激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)等基因的改變,從而影響卵巢上皮癌的易感性[3,4]。單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphism,SNP)雖然是最常見、最簡單的基因序列改變,但是人體表型差異、對疾病的易感性和對藥物的敏感性差異都與之相關[5]。因此,研究基因的SNP位點,將有助于發(fā)現(xiàn)卵巢上皮癌的易感人群,并有利于卵巢上皮癌的

4、早期診斷、個體化用藥及基因的靶向治療。
　　脫嘌呤脫嘧啶核酸內切酶1(Apurinic/apyrimidini cendonuclease 1,APE1)是一種重要的多功能蛋白,不僅在堿基切除修復(Base excision repair,BER)途徑中發(fā)揮重要作用,而且可以調控基因轉錄,并參與細胞凋亡[6]。APE1不但在卵巢正常組織和卵巢上皮癌組織中存在差異性表達,也在鉑類敏感和耐藥的卵巢上皮癌細胞和組織中存在差異表達[7,8

5、]。另外,許多流行病學研究表明,APE1基因的SNP位點與多種癌癥的易感性相關[9,10]。那么,APE1基因的SNP位點與卵巢上皮癌易感性是否相關及如何關聯(lián)需要進一步研究。
　　本研究首先以卵巢上皮癌細胞株為研究對象,檢測APE1基因中SNP位點在各細胞株中的分布差異,篩選出有研究價值的SNP位點用于下一步實驗;其次,通過對84例卵巢上皮癌患者及126例健康婦女進行臨床病例對照研究,探討在中國西北地區(qū)漢族婦女中APE1基因的SN

6、P及其聯(lián)合作用與卵巢上皮癌易感性的關系。
　　研究目的:
　　1.分析APE1基因SNPs在5種卵巢上皮癌細胞中的分布差異,并篩選出有研究意義的SNP位點,為臨床病例對照實驗打下基礎。
　　2.通過臨床病例對照研究探索APE1基因SNPs與卵巢上皮癌易感性的關系。
　　研究內容:
　　1.結合HapMap數(shù)據(jù)庫和dpSNP數(shù)據(jù)庫,選擇進入實驗的SNP位點。
　　2.以卵巢上皮癌順鉑敏感細胞株A2780

7、、SKOV3,順鉑耐藥細胞株A2780/DDP、SKOV3/DDP和低轉移細胞株HO-8910為研究對象,通過提取各細胞基因組DNA,PCR擴增各位點目的產物,PCR產物直接測序檢測各位點在細胞株中的分布差異,序列解讀采用Chromas2軟件分析,并結合HapMap數(shù)據(jù)庫和dpSNP數(shù)據(jù)庫篩選出SNP用于下一步實驗。
　　3.收集中國西北地區(qū)漢族人群中84例卵巢上皮癌患者及126例健康婦女的外周靜脈血,提取血液基因組DNA后應用P

8、CR擴增及直接測序法檢測每個研究對象APE1基因rs1760944和rs1130409位點的基因型。通過Chromas2軟件閱讀基因序列,并結合DNAMANV6軟件比對基因序列,對測序結果的統(tǒng)計學分析采用SPSS16.0。以Student-t檢驗分析病例和對照組的人口學基本特征;對對照組和病例組進行Hardy-Weinberg遺傳平衡定律檢驗;采用非條件logistic回歸比較病例組和對照組rs1760944與rs1130409兩位點基

9、因型分布及等位基因分布的差異;對各位點基因型與卵巢上皮癌風險的關聯(lián)性分析,用相對風險度的比值比(OR)及其95%可信區(qū)間(95%CI)表示;對病例組和對照組各位點基因型根據(jù)年齡、初潮年齡、孕次、產次、絕經狀態(tài)進行分層分析,觀察在各亞層中各位點基因型與卵巢上皮癌易感性的關系;對病例組根據(jù)病理分期及是否有淋巴結轉移進行分層分析,以觀察在各亞層中各位點基因型的分布差異;為進一步探討兩位點之間相互作用與卵巢上皮癌易感性的關系,對病例組和對照采用

10、PHASE2.1軟件進行單倍體分析。所有的統(tǒng)計學分析均為雙側檢驗,以P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義。
　　研究結果:
　　1.根據(jù)目前HapMap數(shù)據(jù)庫和dpSNP數(shù)據(jù)庫報道的在中國漢族人群中APE1基因各SNP位點的分布特點及其相互關系,選擇rs1760944、rs1130409、rs2307486進入實驗。
　　2.測序結果分析發(fā)現(xiàn)rs1760944在細胞株A2780、A2780/DDP、SKOV3和HO-8910

11、中均為GG基因型,在SKOV3/DDP中為TT基因型。rs1130409在細胞株A2780和A2780/DDP中基因型均為TG,在HO-8910、SKOV3、SKOV3/DDP中均為TT。rs2307486在各細胞株中基因型均為AA。提示:rs1760944和rs1130409兩位點在5株細胞中存在多態(tài)性變化,而rs2307486不存在多態(tài)性變化,因此,選擇rs1760944和rs1130409進入臨床病例對照研究。
　　3.病例

12、組和對照組在年齡、初潮年齡、孕次、產次、是否絕經方面均無統(tǒng)計學差異(P>0.05);病例組和對照組各位點基因型頻率均符合Hardy-Weinberg遺傳平衡定律(病例組:Prs1760944=0.074,Prs1130409=0.371;對照組:Prs1760944=0.386,Prs1130409=0.241)。4.rs1130409的TG/GG基因型相對于TT基因型,等位基因G相對于T可以降低卵巢的患病風險(TG與TT相比:aOR=

13、0.468,95%CI:0.235-0.934;GG與TT相比:aOR=0.229,95%CI:0.105-0.500;G與T相比:aOR=0.678,95%CI:0.348-0.741)。但是,本研究沒有發(fā)現(xiàn)rs1760944多態(tài)性與卵巢上皮癌易感性相關。
　　5.在分層研究中發(fā)現(xiàn),在年齡≥50歲(aOR=0.756,95%CI:0.611-0.935),初潮年齡≥15歲(aOR=0.672,95%CI:0.514-0.880)

14、,孕次≥3次(aOR=0.629,95%CI:0.466-0.848),產次≥3次(aOR=0.655,95%CI:0.464-0.925和已絕經婦女(aOR=0.769,95%CI:0.618-0.957)中,rs1130409的TG/GG基因型相對于TT基因型對卵巢上皮癌的保護作用更加明顯,但是各基因型在臨床分期及是否有淋巴結轉移的分層分析中不存在分布差異。rs1760944多態(tài)性在病例組和對照組人口學基本特征變量的分層研究中未發(fā)現(xiàn)

15、與卵巢上皮癌易感性相關;在對病例組臨床基本特征變量進行的分層分析中也未發(fā)現(xiàn)各基因型存在分布差異。
　　6.在單倍體研究中發(fā)現(xiàn)4種單倍體存在分布差異;并且與T-T單倍體相比,T-G和G-G單倍體都會降低卵巢上皮癌的患病風險,而G-T單倍體未發(fā)現(xiàn)與卵巢上皮癌患病風險相關。
　　研究結論:
　　1.APE1基因rs1130409位點的多態(tài)性可能與卵巢上皮癌易感性相關,但是本研究未發(fā)現(xiàn)rs1760944位點的多態(tài)性與卵巢上皮癌

16、易感性相關。
　　2.rs1130409位點TG/GG基因型和G等位基因分別相對于TT基因型和T等位基因可以降低卵巢上皮癌的患病風險;這種保護作用在年齡≥50歲,初潮年齡≥15歲、孕次≥3次、產次≥3次和已絕經婦女更加明顯。rs1130409各基因型在臨床分期和是否有淋巴轉移各亞層中不存在分布差異。
　　3.rs1760944多態(tài)性在年齡、初潮年齡、孕次、產次、是否絕經各亞層的分析中沒有發(fā)現(xiàn)與卵巢上皮癌易感性相關;各基因型在