簡(jiǎn)介:R語(yǔ)言,,課程簡(jiǎn)介,R是一個(gè)有著統(tǒng)計(jì)分析功能及強(qiáng)大作圖功能的軟件系統(tǒng),是由奧克蘭大學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)系的ROSS和ROBERT共同創(chuàng)立。R是主要用于統(tǒng)計(jì)分析、繪圖的語(yǔ)言,通過(guò)對(duì)R語(yǔ)言的學(xué)習(xí),將有助于未來(lái)的生物信息領(lǐng)域的學(xué)習(xí)。注意R語(yǔ)言適合統(tǒng)計(jì)分析,不適合做文本分析,太慢,R語(yǔ)言與生物信息學(xué),生物信息學(xué)運(yùn)用計(jì)算機(jī)技術(shù)和信息技術(shù)開(kāi)發(fā)新的算法和統(tǒng)計(jì)方法,對(duì)生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,確定數(shù)據(jù)所含的生物學(xué)意義,并開(kāi)發(fā)新的數(shù)據(jù)分析工具以實(shí)現(xiàn)對(duì)各種信息的獲取和管理的學(xué)科。目前R語(yǔ)言是生物信息學(xué)常用的統(tǒng)計(jì)分析與繪圖軟件。,,課程特點(diǎn)與考核,特點(diǎn)應(yīng)用性較強(qiáng)理論R語(yǔ)言的基本命令授課方式理論講解、實(shí)例分析及操作課堂紀(jì)律認(rèn)真聽(tīng)講、積極討論、動(dòng)手操作,參考教材,書(shū)籍R的官方網(wǎng)頁(yè)擁有大量英文學(xué)習(xí)資源,百度上也擁有大量資源。,課程內(nèi)容,第一章R語(yǔ)言的下載及安裝第二章R語(yǔ)言的向量操作第三章R語(yǔ)言的數(shù)值計(jì)算第四章R語(yǔ)言的繪圖第五章R語(yǔ)言的基本統(tǒng)計(jì)學(xué)分析,第一章R語(yǔ)言的安裝及調(diào)用,§11R語(yǔ)言的下載及安裝§12R語(yǔ)言的界面介紹※§13R語(yǔ)言的簡(jiǎn)單操作▲,§11R語(yǔ)言的下載及安裝,首先R語(yǔ)言是免費(fèi)的,下載地址為HTTPS//WWWRPROJECTORG/,,R語(yǔ)言界面,,,R語(yǔ)言命令提示符在后面直接輸入命令,R界面雖然支持中文,但是不建議使用中文。因?yàn)镽語(yǔ)言為英語(yǔ)開(kāi)發(fā),所以不會(huì)太支持中文。,示例,下表為某中學(xué)6個(gè)同學(xué)的體重,請(qǐng)計(jì)算其體重均值直接輸入命令行X1AVE安裝程序包選擇鏡像隨便選,只是下載站點(diǎn)選擇安裝的R包。3、從網(wǎng)站下載R包,程序包從本地ZIP文件安裝程序包。,,,如果沒(méi)有找到R包怎么辦呢,這可能是由于R包不存在于默認(rèn)包庫(kù)中,默認(rèn)庫(kù)為CRAN,所以我們可以將庫(kù)設(shè)置為BIOCSOFTWARE,設(shè)置位置在程序包菜單欄下面。,,,,WINDOWS下升級(jí)R,但不想重裝PACKAGES,在其他目錄下安裝R,再將舊版本保留的LIBRARY目錄下的文件拷貝至新版本LIBRARY目錄下,然后UPDATEPACKAGES;或卸載R,把R裝到舊的目錄下,然后UPDATEPACKAGES,包的調(diào)用,通常情況下,R包在安裝完以后不能直接調(diào)用其函數(shù),需要使用命令LIBRARY包名進(jìn)行調(diào)用,然后在使用其中的命令。,示例,LIBRARYMGCVYCREP1,10,REP0,20,REP1,40,REP0,10,REP1,40,REP0,40X1160BGLMYX,FAMILYBINOMIALPARMFROWC2,2QQGAMBQQGAMB,REP50,LEVEL1,R函數(shù)幫助,HELPQQGAMHELP“QQGAM”QQGAM輸入以上任意一條命令均可以出現(xiàn)對(duì)該函數(shù)的介紹,其中有示例,我們可以通過(guò)示例進(jìn)行簡(jiǎn)單的函數(shù)操作。,,如何知道目前加載了哪些包SEARCH如何知道目前安裝了哪些包PACKAGESALLAVAILABLETRUE,課堂練習(xí),1、下載R322以及2153并且安裝2、建立R腳本文件,將代碼X1C50,49,45,40,45,46AVEMEANX1寫(xiě)入文本,并保存成EXAM1R并運(yùn)行。3、嘗試修改工作目錄到D盤(pán)。4、加載FOREIGN包。5、通過(guò)鏡像下載RODBC包,使用命令行下載SURVIVAL包查詢SURVIVAL包。,,6、查看QQGAM的功能并且分析參數(shù)如果示例中包含其他未知參數(shù)繼續(xù)查。把QQGAM的功能和描述做成一個(gè)WORD,其中包括各種參數(shù)說(shuō)明,并且附上一個(gè)示例,然后說(shuō)明該示例每個(gè)函數(shù)的意思。,謝謝,
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