賁門(mén)癌細(xì)胞凋亡相關(guān)長(zhǎng)鏈非編碼RNA的分析.pdf

1、目的：
　　本研究旨在運(yùn)用生物信息學(xué)方法在賁門(mén)癌組織中找到差異表達(dá)的基因，并構(gòu)建基因間的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)關(guān)系，在網(wǎng)絡(luò)圖中挑選相關(guān)基因并通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證某些個(gè)基因與賁門(mén)癌細(xì)胞凋亡相關(guān)。
　　方法：
　　我們從河南科技大學(xué)第一附屬醫(yī)院及安陽(yáng)腫瘤醫(yī)院腫瘤外科獲得15對(duì)賁門(mén)癌組織和癌旁組織，隨后應(yīng)用Human LncRNA Array v2.0芯片（8×60K, Arraystar）對(duì)癌組織和癌旁組織進(jìn)行l(wèi)ncRNA（Long non-

2、coding RNA）表達(dá)的全基因組分析，通過(guò)基因功能富集分析找到凋亡相關(guān)基因本體論（GO）條目，從中選取 mRNA并驗(yàn)證，通過(guò)皮爾森系數(shù)與差異表達(dá) lncRNA構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖，從中挑選lncRNA進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證，并分析mRNA與lncRNA之間的相關(guān)性，最后通過(guò)賁門(mén)癌細(xì)胞系的驗(yàn)證證實(shí)該基因的差異表達(dá)與細(xì)胞凋亡相關(guān)。
　　結(jié)果：
　　芯片結(jié)果顯示，癌組織中有5139個(gè)lncRNAs差異表達(dá)。它們中有3026個(gè)上調(diào)的

3、lncRNAs的差異表達(dá)倍數(shù)大于2，有2113個(gè)下調(diào)的lncRNAs差異表達(dá)倍數(shù)大于2。GO分析顯示在“抗凋亡”的生物學(xué)過(guò)程的GO條目（GO term:0006916）中有42個(gè)蛋白編碼基因顯著富集。在mRNA-lncRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖中，共包含2個(gè)mRNA和50個(gè) lncRNA，二者的皮爾森相關(guān)系數(shù)大于等于0.97。隨后，我們通過(guò)實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)的方法，隨機(jī)的挑選了1個(gè)下調(diào)和5個(gè)上調(diào)基因在另外29對(duì)賁門(mén)癌及賁門(mén)癌旁組織中進(jìn)行驗(yàn)證，

4、結(jié)果1個(gè)下調(diào)的lncRNA（RP11-98F14.10）表達(dá)與基因芯片結(jié)果一致，接下來(lái)對(duì)PCR驗(yàn)證過(guò)的2個(gè)mRNA與這個(gè)下調(diào)lncRNA進(jìn)行相關(guān)性分析，結(jié)果顯示PEA15與lncRNA（RP11-98F14.10）存在相關(guān)性。最后，我們構(gòu)建重組過(guò)表達(dá)質(zhì)粒，通過(guò)慢病毒來(lái)轉(zhuǎn)染了1株賁門(mén)癌細(xì)胞系（SK-GT-2），然后利用流式細(xì)胞儀檢測(cè)細(xì)胞凋亡狀態(tài)，發(fā)現(xiàn)過(guò)表達(dá)該基因后增加了賁門(mén)癌細(xì)胞的凋亡。
　　結(jié)論：
　　賁門(mén)癌中存在大量差異表